针对您提出的“夫妻分居三年，起诉离婚怎么判”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法院判决离婚的基本原则
法院在判决离婚时，主要依据的是“夫妻感情是否确已破裂”。这是法院判定是否准予离婚的核心标准。分居三年，虽然可以被视为夫妻感情出现破裂的一个关键因素，但并非绝对标准，法院还会综合考虑其他多种因素。
二、分居三年对判决的影响
感情破裂的参考因素：分居三年，如果是因为感情不和导致的，那么这通常会被视为夫妻感情已经破裂的一个重要参考因素。在调解无效的情况下，法院可能会据此判决准予离婚。
证据的重要性：然而，仅仅分居三年并不足以直接导致法院判决离婚。起诉方需要提供充分的证据来证明分居是因为感情不和，并且已经达到了无法挽回的程度。这些证据可能包括分居协议、租房合同、居委会或物业的证明、双方的通信记录等。
三、法院判决时考虑的其他因素
除了分居情况外，法院在判决离婚时还会综合考虑以下因素：
婚姻基础：包括双方结婚时的感情状况、婚姻登记的合法性等。
婚后感情：双方在婚姻生活中的相处情况、是否有过矛盾或冲突、以及如何处理这些矛盾等。
离婚原因：除了分居外，是否还有其他导致夫妻感情破裂的原因，如重婚、家庭暴力、虐待或遗弃家庭成员等。
夫妻关系的现状：包括双方目前的生活状态、是否有和好的可能等。
有无和好可能：法院会尝试调解双方，看是否有和好的可能。如果调解无效，且符合法定离婚条件，法院才会判决离婚。
四、财产分割和子女抚养问题
在判决离婚的同时，法院还会处理财产分割和子女抚养问题：
财产分割：夫妻共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。分居期间各自所得财产，若无特殊约定，一般也认定为夫妻共同财产。
子女抚养：法院会根据子女的年龄、双方的经济状况、抚养能力等因素，综合判定子女的抚养权归属。同时，会确保子女的合法权益得到保障。
五、关于“自动离婚”的误解
需要特别指出的是，在中国不存在夫妻分居三年自动离婚的说法。离婚只有两种法定途径：协议离婚和诉讼离婚。即使分居三年，也需要通过法定程序来办理离婚手续。
综上所述，夫妻分居三年起诉离婚时，法院会依据具体情形作出裁决。如果双方感情已经彻底破裂且调解无效，法院通常会判决准予离婚。但判决还会综合考虑婚姻基础、婚后感情、离婚原因、夫妻关系现状及有无和好可能等多种因素。同时，法院还会依法处理财产分割和子女抚养问题。希望这些解答能对您有所帮助。