结论：领导将请假按旷工扣工资的做法不一定合理，具体是否合法需结合请假流程、公司规章制度以及请假事由等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
从请假流程和公司规章制度角度
- 若请假流程合规且公司制度无冲突
- 如果你按照公司规定的请假流程，提前向领导提交了请假申请，并且获得了批准，那么领导将此次请假按旷工处理并扣工资就是不合法的。公司有义务按照既定的规章制度来管理员工，批准请假后就应该保障员工相应的权益，不能随意更改处理方式。
- 例如，公司规定请假需提前三天提交书面申请，你按照要求提前三天提交了请假条，领导也签字同意了，之后却以各种理由说你旷工扣工资，这种情况下公司的行为违反了其自身制度。
- 若请假流程不合规或违反公司制度
- 要是你没有遵循公司的请假流程，比如未提前申请、申请未获批准就擅自离岗，那么公司按照旷工处理并扣工资可能是合理的。公司制定请假制度是为了保障工作的正常开展，员工有义务遵守。
- 例如，公司规定紧急情况请假需在离岗后两小时内电话告知领导并补交书面申请，你没有进行任何告知就离岗，公司按旷工处理就符合规定。不过，即使按旷工处理，扣工资的幅度也应符合法律规定，不能随意克扣。
从请假事由角度
- 法定请假事由
- 如果你请假是因为符合法律规定的情形，如患病需要治疗、依法参加社会活动等，领导按旷工扣工资是不合法的。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工患病或非因工负伤，在规定的医疗期内，公司不得解除劳动合同，并且应按照规定支付病假工资。
- 例如，你因生病住院向公司请假，提供了医院的诊断证明和病假建议书，公司却按旷工扣工资，这就侵犯了你的合法权益。
- 非法定请假事由
- 若你请假的事由不属于法律规定的特殊情形，公司是否按旷工处理并扣工资，还是要看公司的规章制度以及请假流程是否合规。如果公司制度明确规定了某些非法定事由请假的相关处理方式，且你违反了规定，那么公司按制度处理可能是合理的。
从扣工资的合法性角度
即使公司认定你旷工，扣工资也不能随意进行。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
建议：
- 首先查看公司的规章制度，确认自己的请假流程是否合规，以及公司对于旷工和扣工资的具体规定。
- 与领导进行沟通，了解其将请假按旷工扣工资的具体原因，看是否存在误解。
- 如果沟通无果，且你认为公司的做法不合理，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
如果你在处理这个问题过程中遇到任何疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。