违规报销差旅费1000元属于违反公司财务制度或可能涉及职务侵占的行为，需根据具体情节承担相应责任，具体处理方式如下：
若尚未被发现，建议主动纠正
若您已意识到报销行为违规但尚未被公司察觉，最稳妥的方式是立即停止违规行为，并主动向公司财务部门或上级说明情况，退回多报的1000元。根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同；但若情节轻微且主动纠正，公司可能仅给予警告或批评教育，避免因“明知故犯”被认定为恶意违规，从而面临更严厉处罚。
若已被公司发现，需配合调查并承担责任
若公司已启动调查程序，您需积极配合，如实说明报销细节（如差旅实际支出、违规原因等）。根据《工资支付暂行规定》第十六条，若公司因您违规报销遭受损失（如多支付的1000元），可要求您赔偿；若公司规章制度明确规定“违规报销需扣除奖金、绩效或解除合同”，您可能面临相应处罚。但需注意，公司处罚需符合“合理性”原则（如处罚力度与违规情节相当），若您认为处罚过重，可依据《劳动合同法》第三十八条主张权益。
若涉及金额较大或恶意串通，可能构成职务侵占
若违规报销行为系与他人串通（如虚构差旅、伪造票据），或累计金额较大（通常需达到6万元以上才构成职务侵占罪），可能触犯《刑法》第二百七十一条，面临三年以下有期徒刑或拘役。但1000元金额较小，通常仅属行政或民事范畴，但若您多次违规或存在主观恶意，仍可能被公司追究民事赔偿责任，甚至影响职业声誉。
温馨提示：差旅报销需严格遵循公司制度，保留真实票据并如实申报。若对报销流程有疑问，可向公司财务部门咨询，避免因疏忽或侥幸心理引发法律风险。如有进一步疑问，欢迎随时向我提问。