结论：公司扣了工资但未进行申报，这一行为是违法的。针对这种情况，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益。
法律分析：
工资申报的义务：
- 根据相关法律法规，公司有义务按时足额支付员工工资，并且应当进行工资申报，这是公司作为用人单位的基本责任。工资申报不仅关乎员工的个人权益，也涉及到税务、社保等多个方面的合规性。
违法行为的认定：
- 如果公司扣了你的工资但未进行申报，这明显违反了工资支付的义务和申报的规定。这种行为可能构成拖欠工资或未依法申报工资，具体取决于扣工资的原因和未申报的具体情况。
可能的法律后果：
- 对于公司而言，未依法申报工资可能面临税务部门的处罚，包括罚款、滞纳金等。同时，如果扣工资的行为被认定为拖欠工资，公司还可能面临劳动监察部门的处罚，以及需要支付拖欠工资的赔偿金。
- 对于你个人而言，未申报的工资可能影响到你的社保缴纳、个人所得税缴纳等，进而影响到你的个人权益和福利待遇。
应对措施：
与公司沟通：
- 首先，你可以尝试与公司进行沟通，了解扣工资和未申报的具体原因。如果公司能够给出合理的解释并尽快补办申报手续，你可以考虑给予一定的宽限期。
向劳动监察部门投诉：
- 如果公司拒绝沟通或无法给出合理解释，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会依法对公司的违法行为进行调查和处理，并保护你的合法权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果未能满足你的需求，或者公司仍然拒绝履行义务，你可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。通过法律途径来维护自己的合法权益，要求公司支付拖欠的工资、赔偿金等。
建议：
- 在处理此类问题时，建议你保留好相关的证据，如工资条、银行转账记录、与公司沟通的记录等。这些证据将有助于你证明公司的违法行为和维护自己的合法权益。
- 同时，你也可以咨询专业的劳动法律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
后续行动：
- 如果你决定采取法律行动，建议你尽快行动，以免超过法定的诉讼时效期限。
- 在整个过程中，保持与公司的沟通渠道畅通，但也要坚定维护自己的合法权益，不要轻易妥协。
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