结论：主动申请离职但公司以有未完成项目为由不同意，这种情况下，您依然有权离职，但需要遵循一定的程序和注意事项。以下是从不同角度为您详细分析的情况和建议：
一、法律角度
劳动者离职权利：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有提前通知解除劳动合同的权利。通常，劳动者需要提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期内的劳动者需提前三日），即可解除劳动合同。这一规定赋予了劳动者离职的自主权，不受用人单位是否同意的限制。
公司不同意离职的法律后果：
- 如果您已经按照法律规定提前通知了公司，并且通知期满，那么您有权离职。公司不得以未完成项目为由阻止您离职，否则可能构成违法。在这种情况下，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
二、实际操作角度
提前通知并书面确认：
- 建议您以书面形式（如邮件、信件等）向公司提出离职申请，并明确离职日期。这样既可以留下证据，又可以确保公司收到您的离职通知。
与公司协商：
- 在提出离职申请后，您可以与公司协商离职的具体事宜，如工作交接、未完成项目的处理等。通过协商，您可以尽量减少对公司的影响，同时也为自己离职后的工作和生活做好准备。
办理离职手续：
- 在离职日期到来时，您需要按照公司的规定办理离职手续，如归还公司财物、结清工资等。确保离职手续的完备，可以避免后续可能出现的纠纷。
三、特殊情况处理
项目关键性：
- 如果您负责的项目确实对公司非常重要，且您的离职可能会对公司造成重大损失，那么公司可能会提出一些合理的补偿或安排，以挽留您或减轻您离职的影响。在这种情况下，您可以与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
公司违法阻挠：
- 如果公司采取违法手段阻挠您离职，如扣留工资、不办理离职手续等，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在投诉或仲裁过程中，您需要提供充分的证据证明公司的违法行为，以便维护自己的合法权益。
四、建议与提醒
- 保留证据：在整个离职过程中，建议您保留好所有与离职相关的证据，如离职申请、书面通知、工作交接记录等。这些证据在后续可能出现的纠纷中将成为您维护自己权益的重要依据。
- 咨询专业人士：如果您在离职过程中遇到任何法律问题或困惑，建议及时向我咨询。我可以根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总之，主动申请离职是您的权利，公司不得以未完成项目为由阻止您离职。在离职过程中，您需要遵循一定的程序和注意事项，以确保自己的权益得到保障。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。