在被告人（此处应指承包人作为原告起诉发包人时，发包人作为被告）起诉的案件中，发包人可以通过以下几种主要方式进行抗辩，具体需结合案件事实和法律规定来综合运用：

1. 合同效力抗辩

• 核心思路：主张承包人起诉所依据的合同存在无效情形，从而否定其诉讼请求的基础。
• 具体情形：
  • 合同主体不适格，如承包人未取得相应资质；
  • 合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，如违反招投标法规定未进行招投标；
  • 合同存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，损害国家、集体或第三人利益；
  • 合同未成立或未生效，如未满足合同约定的生效条件。

1. 履行抗辩

• 核心思路：主张承包人未按照合同约定履行义务，或发包人已履行相应义务，从而拒绝承包人的诉讼请求。
• 具体情形：
  • 承包人未按合同约定的时间、质量、数量等完成工作，发包人有权拒绝支付工程款或要求承包人承担违约责任；
  • 发包人已按合同约定支付了工程款或提供了其他必要条件，承包人无权再主张相关权利；
  • 承包人存在违约行为，如擅自变更设计、使用不合格材料等，发包人有权要求其承担修复、返工等责任，并相应减少支付工程款。

1. 时效抗辩

• 核心思路：主张承包人的诉讼请求已超过法律规定的诉讼时效期间，从而拒绝履行相关义务。
• 具体操作：
  • 审查承包人起诉的时间是否超过了合同约定的或法律规定的诉讼时效期间；
  • 若超过，且发包人未在诉讼时效期间内作出同意履行的意思表示或实际履行部分义务，则发包人有权提出时效抗辩。

1. 反诉抗辩

• 核心思路：在承包人起诉发包人的案件中，发包人可以提出反诉，要求承包人承担因其违约或侵权行为给发包人造成的损失。
• 具体情形：
  • 承包人因施工质量问题给发包人造成损失的，发包人可以要求承包人承担修复、赔偿等责任；
  • 承包人因延误工期给发包人造成损失的，发包人可以要求承包人承担违约金或赔偿损失；
  • 承包人存在其他违约或侵权行为的，发包人均可以依法提出反诉。

1. 证据抗辩

• 核心思路：通过质疑承包人提供的证据的真实性、合法性、关联性或证明力，来削弱或否定其诉讼请求。
• 具体操作：
  • 审查承包人提供的证据是否真实、合法，是否存在伪造、变造等情形；
  • 审查证据是否与案件事实具有关联性，能否证明承包人的诉讼请求；
  • 提出相反证据或理由，来质疑承包人证据的证明力或推翻其证明的事实。

在抗辩过程中，发包人应充分收集、整理相关证据，如合同、付款凭证、验收报告、往来函件等，以支持其抗辩主张。同时，发包人还应根据案件具体情况和法律规定，选择合适的抗辩策略和方式，以最大限度地维护自身合法权益。如有具体案件或法律问题，欢迎直接向我咨询。