结论：在此情况下，能否确认劳动关系需分情况讨论，主要取决于实际用工情况、合同内容以及工资发放记录等多方面因素。以下从不同角度进行分析：
从合同形式与内容角度：
- 如果儿子以个人名义与员工签订的是劳务合同，但合同内容实质上符合劳动合同的特征（如约定了工作时间、地点、工作内容、劳动报酬等劳动权利义务关系），且员工实际上也是按照公司的要求进行工作，那么这份合同可能被认定为劳动合同，从而确认劳动关系。
- 反之，如果合同内容确实仅涉及劳务关系，如一次性或特定项目的劳务提供，且没有体现劳动关系的特征，那么可能难以确认劳动关系。
从实际用工情况角度：
- 劳动关系的关键在于实际用工。即使合同是儿子以个人名义签订，但如果员工实际上是在为公司工作，接受公司的管理，从事公司安排的工作任务，那么这种实际用工关系可能构成劳动关系。
- 法院在判断时，会综合考虑员工的工作内容、工作时间、工作地点、是否接受公司管理等因素。
从工资发放记录角度：
- 虽然工资是通过儿子的个人银行卡发放，但如果能够证明这笔工资实际上是公司支付给员工的劳动报酬（如公司财务记录、转账备注等），那么这可以作为确认劳动关系的一个证据。
- 如果工资发放记录混乱，无法明确区分是个人行为还是公司行为，那么这可能对确认劳动关系造成一定困难。
从公司法人身份角度：
- 父亲作为公司法人，其身份本身并不直接决定儿子与员工之间是否构成劳动关系。关键在于实际用工情况和合同内容。
- 如果儿子在公司担任一定职务，且以公司名义进行用工管理，那么即使工资通过个人银行卡发放，也可能构成劳动关系。
法律建议：
- 对于公司而言，应规范用工管理，明确与员工签订的是劳动合同还是劳务合同，并确保合同内容与实际用工情况相符。
- 对于员工而言，如果认为自己与公司存在劳动关系，应收集相关证据（如工作证、考勤记录、工资发放记录等）以证明自己的主张。
- 在发生争议时，建议双方先通过协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解；调解不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
可能法律后果：
- 如果确认存在劳动关系，公司可能需要承担劳动法规定的各项义务（如支付工资、缴纳社会保险等），并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 如果确认不存在劳动关系，而仅为劳务关系，则双方的权利义务将按照劳务合同的约定执行，公司可能无需承担劳动法规定的义务。
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