公司用法人个人账号发工资，在确认劳动关系上确实会存在一定的复杂性，但并非不能确认劳动关系。以下从几个角度为你详细分析：

1. 法律关系的核心在于事实劳动：

   • 劳动关系的确认，核心在于劳动者是否实际为用人单位提供了劳动，并接受用人单位的管理和指挥，以及用人单位是否支付了劳动报酬。这些事实是确认劳动关系的关键，而不仅仅是工资的支付方式。
   • 即使工资是通过法人个人账号发放，只要劳动者能提供其他证据（如工作证、考勤记录、工作邮件、同事证言等）证明其与用人单位之间存在事实劳动关系，那么劳动关系的确认就不会受到太大影响。

2. 工资支付方式的影响：

   • 通常情况下，用人单位会通过其公司账户向劳动者支付工资，这是更规范、更透明的做法。通过法人个人账号支付工资，可能会引发一些关于资金来源、用途的疑问，但这并不直接决定劳动关系的存在与否。
   • 如果法人个人账号支付的工资能够明确是代表用人单位支付的，且劳动者对此没有异议，那么这种支付方式本身不会成为确认劳动关系的障碍。

3. 潜在的法律风险与建议：

   • 对于用人单位而言，通过法人个人账号支付工资可能存在税务、财务等方面的风险。如果这种支付方式被滥用，可能会引发税务稽查、财务违规等问题。
   • 对于劳动者而言，如果担心工资支付方式影响劳动关系的确认，可以要求用人单位提供书面劳动合同、工资条等证据，以明确双方的权利义务关系。同时，保留好与工作相关的所有证据，以备不时之需。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院在确认劳动关系时，会综合考虑多种因素，包括工资支付方式、工作证、考勤记录、工作邮件等。只要劳动者能提供足够的证据证明其与用人单位之间存在事实劳动关系，法院通常会予以确认。
   • 也有案例显示，即使工资是通过法人个人账号发放，但只要其他证据充分，法院仍然会确认劳动关系的存在。

建议：

• 如果你作为劳动者，担心工资支付方式影响劳动关系的确认，建议尽快与用人单位签订书面劳动合同，并要求提供工资条等证据。
• 如果用人单位坚持通过法人个人账号支付工资，你可以要求用人单位出具书面说明，明确该支付方式是代表用人单位支付的，并保留好相关证据。
• 如果在劳动关系确认上遇到纠纷，可以寻求法律援助或向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。