结论：在已经签订转让合同并收取转让费的情况下，一般不能随意收回商铺和证件，否则可能构成违约，需承担相应法律责任。不过，具体能否收回以及如何调解，要依据合同条款、双方协商情况以及是否存在法定解除事由等因素来综合判断。以下为你详细分析：

从合同约定角度分析

1. 若合同中有明确约定解除条件：如果转让合同里明确写明了在某种特定情况下一方可以解除合同并收回商铺和证件，当该特定情况出现时，你可以依据合同约定主张收回。但要注意，你需要严格按照合同约定的程序和方式来操作，比如提前通知对方、办理相关手续等。例如，合同约定若受让方未在规定时间内支付后续款项，转让方有权收回商铺，当受让方确实出现未按时付款的情况时，你就可以按照合同约定收回。
2. 若合同未约定解除条件或约定不明：在这种情况下，你不能随意解除合同收回商铺和证件。因为合同一旦签订，对双方都具有法律约束力，双方都应当按照合同约定履行自己的义务。如果你擅自收回，就属于违约行为，受让方有权要求你继续履行合同、赔偿损失等。

从法定解除事由角度分析

根据《中华人民共和国民法典》的规定，存在一些法定情形时，当事人可以解除合同：

1. 因不可抗力致使不能实现合同目的：比如商铺因地震、洪水等自然灾害导致严重损毁，无法继续用于经营，使得合同目的无法实现，此时你可以解除合同收回商铺和证件。但你需要提供充分的证据证明不可抗力的发生以及其对合同履行的影响。
2. 在履行期限届满前，当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行主要债务：如果受让方明确表示不再继续经营商铺，或者已经将商铺内的主要设备搬走，以实际行动表明不再履行合同义务，你可以解除合同并收回商铺和证件。
3. 当事人一方迟延履行主要债务，经催告后在合理期限内仍未履行：例如受让方未按照合同约定支付转让费，你在催告后在合理期限内对方仍未支付，你可以解除合同收回商铺和证件。

关于调解建议

1. 与受让方友好协商：你可以主动与受让方沟通，说明你希望收回商铺和证件的原因，看是否能够达成一致意见。在协商过程中，要尊重对方的合法权益，尽量提出合理的解决方案，比如退还部分转让费、给予一定的补偿等。如果双方能够达成和解，可以签订书面协议，明确双方的权利和义务，避免后续产生纠纷。
2. 寻求第三方调解：如果双方自行协商无法达成一致，可以寻求第三方的帮助进行调解。第三方可以是当地的商会、行业协会、消费者协会等组织，也可以是专业的调解机构。这些第三方通常具有中立性和专业性，能够帮助双方理性地分析问题，找到合理的解决方案。
3. 通过诉讼或仲裁解决：如果调解也无法解决问题，你可以考虑通过诉讼或仲裁的方式维护自己的权益。如果合同中有仲裁条款，应按照条款约定向约定的仲裁机构申请仲裁；如果没有仲裁条款，则可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼或仲裁过程中，你需要提供充分的证据证明自己的主张，由法院或仲裁机构根据法律规定和事实情况作出判决或裁决。