公司要求新员工查病毒性肝炎，这一行为是否合法，需分情况讨论：
一般情况下的不合法性：
- 根据《中华人民共和国就业促进法》以及《中华人民共和国传染病防治法》的相关规定，用人单位招用人员时，除国家法律、行政法规和卫生部规定禁止从事的易使传染病扩散的工作外，不得以是传染病病原携带者为由拒绝录用。病毒性肝炎（除甲肝等少数具有强传染性的类型外，如乙肝等多数类型并不属于易使传染病扩散的工作范畴）的携带者或患者，并不属于法律明确禁止录用的范畴。
- 因此，如果公司仅因新员工是病毒性肝炎的携带者或患者就拒绝录用，或者要求新员工进行病毒性肝炎的检查作为录用的前提条件，这一行为通常是不合法的。这种行为可能构成对劳动者就业权利的歧视，违反了平等就业的原则。
特定情况下的合法性：
- 如果公司从事的是食品加工、餐饮服务、托幼机构等特定行业，且根据相关法律法规或卫生标准，要求员工进行健康检查（包括病毒性肝炎的检查）是合理的，那么这一行为可能是合法的。但即便如此，公司也不能仅因检查结果阳性就拒绝录用，除非该阳性结果确实表明员工不适合从事该岗位的工作，且这一判断有充分的医学依据。
- 另外，如果公司要求新员工进行病毒性肝炎的检查是出于对员工健康和安全的关心，且这一检查是自愿的、非强制性的，同时公司也提供了相应的隐私保护措施，那么这一行为在道德上可能是可接受的，但在法律上仍需谨慎处理，以避免构成歧视。
法律建议：
- 对于公司而言，应严格遵守相关法律法规，不得以是传染病病原携带者为由拒绝录用新员工。如果确实需要对员工进行健康检查，应确保检查的合法性和合理性，并提供充分的隐私保护措施。
- 对于新员工而言，如果公司要求进行病毒性肝炎的检查，可以询问公司这一要求的法律依据和合理性。如果认为公司的要求不合法或不合理，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
可能后果：
- 如果公司因新员工是病毒性肝炎的携带者或患者就拒绝录用，新员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司承担违法解除劳动合同的责任。
- 如果公司的行为构成对劳动者就业权利的歧视，还可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
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