您好，关于您提出的“入职要求检查乙肝两对半是否合法”的问题，我可以给您一个详细且清晰的解答。

首先，我们需要明确的是，用人单位在招用人员时，确实享有一定的自主用人权利，但同时也必须遵守国家相关的法律法规，确保为劳动者提供平等的就业机会和公平的就业条件。

针对您提出的问题，根据人力资源和社会保障部的相关规定，用人单位在招用人员时，除国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止乙肝病原携带者从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清学指标（即乙肝两对半）作为体检标准。这意味着，在大多数情况下，用人单位要求入职者进行乙肝两对半检查是不合法的，除非该职位属于国家明确规定的禁止乙肝病原携带者从事的工作范畴。

此外，用人单位在招聘过程中还应当遵循一系列其他规定，如不得提供虚假招聘信息、不得扣押被录用人员的证件、不得以担保或其他名义收取财物、不得歧视特定群体（如妇女、少数民族、残疾人等）等。这些规定都是为了保障劳动者的合法权益，确保招聘过程的公平、公正和透明。

因此，如果您在入职过程中遇到用人单位要求进行乙肝两对半检查的情况，您可以先了解该职位是否属于国家明确规定的禁止乙肝病原携带者从事的工作。如果不属于，那么您有权拒绝该检查，并可以向相关部门投诉用人单位的违法行为。

希望这个解答能够帮助您更好地理解相关法律法规，并在遇到类似问题时能够维护自己的合法权益。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。