结论前置：公司更换领导后变动考核机制并降低员工底薪，这一行为是否违法需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司未与员工协商一致即单方面降薪：

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，变更劳动合同应当采用书面形式。底薪作为劳动合同的重要组成部分，其变更同样需要双方协商一致。
   • 法律后果：若公司未经员工同意单方面降低底薪，员工有权拒绝，并可以要求公司按照原劳动合同支付工资。若公司因此解除劳动合同，员工有权要求公司支付经济补偿金，甚至可能要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
   • 建议：员工应保留好原劳动合同、工资条等证据，与公司进行协商，若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若公司虽变动考核机制但底薪降低有合理依据且已与员工协商：

   • 合理依据：公司可能基于经营需要、市场变化或员工绩效等因素调整考核机制和底薪，但这些调整需有合理依据，且不能违反法律法规的强制性规定。
   • 协商程序：即使公司有合理依据，也需与员工进行充分协商，确保员工对调整内容有充分了解并同意。协商过程中，公司应提供充分的解释和说明，确保员工的知情权。
   • 法律后果：若公司能够证明底薪降低有合理依据且已与员工协商一致，那么这一行为可能不构成违法。但员工仍需关注调整后的工资是否低于当地最低工资标准，若低于，则公司仍需承担法律责任。
   • 建议：员工在协商过程中应仔细阅读调整方案，了解自己的权益和义务。若对调整内容有异议，应及时提出并与公司进行进一步沟通。

3. 特殊情况：公司因经营困难需降薪：

   • 法律依据：根据《劳动合同法》及相关规定，公司因经营困难需降薪时，需与工会或职工代表协商，并听取他们的意见。若公司能够证明降薪是出于经营困难且已履行了相关程序，那么这一行为可能不构成违法。
   • 法律后果：即使公司因经营困难降薪，也需确保降薪后的工资不低于当地最低工资标准。若低于，则公司仍需承担法律责任。同时，公司需承担举证责任，证明降薪的合理性和必要性。
   • 建议：员工在面对公司因经营困难降薪时，应要求公司提供相关证据证明降薪的合理性和必要性。若对公司提供的证据有异议，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

进一步思考：在面对公司变动考核机制并降低底薪的情况时，员工应保持冷静并理性应对。首先，要仔细阅读原劳动合同和调整方案，了解自己的权益和义务；其次，要与公司进行充分协商，表达自己的意见和诉求；最后，若协商无果或公司行为涉嫌违法，要及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

最后提醒：若您在实际操作中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。