在承包人与被挂靠人的用工主体责任纠纷中，通常是需要申请工伤认定的，以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与依据

根据相关法律规定，当劳动者与用人单位之间存在劳动关系，且劳动者在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害等符合工伤认定情形的，应当进行工伤认定。在承包人与被挂靠人的用工主体责任纠纷场景下，虽然可能存在复杂的用工关系，但只要劳动者符合工伤认定的基本条件，申请工伤认定是保障其合法权益的重要途径。

申请工伤认定的必要性

1. 明确责任主体：通过工伤认定程序，可以明确劳动者所受伤害是否属于工伤范畴，进而确定承担工伤赔偿责任的主体。在承包人与被挂靠人的纠纷中，可能涉及多方责任，工伤认定有助于厘清各方责任，避免责任推诿。例如，若劳动者是在为承包人工作过程中受伤，经工伤认定后，若符合相关规定，被挂靠人作为用工主体可能需承担相应责任，这为后续的赔偿提供了明确的依据。
2. 保障劳动者权益：工伤认定是劳动者获得工伤赔偿的前提。只有经过认定，劳动者才能依据相关法律法规享受工伤保险待遇，包括医疗费用报销、伤残津贴、一次性伤残补助金等。如果不申请工伤认定，劳动者可能无法获得这些应有的赔偿，其合法权益将得不到有效保障。

特殊情况分析

1. 存在明确劳动关系且无争议：如果劳动者与用人单位（可能是承包人或被挂靠人，具体取决于实际用工情况）之间存在明确的劳动关系，且双方对工伤事实无争议，那么申请工伤认定相对较为顺利。在这种情况下，及时申请工伤认定可以加快赔偿流程，让劳动者尽快获得应有的补偿。
2. 劳动关系存在争议：在实际案例中，承包人与被挂靠人的用工关系往往较为复杂，可能存在劳动关系难以认定的情况。例如，劳动者可能与承包人签订了劳务合同，而非劳动合同，此时是否构成劳动关系可能存在争议。在这种情况下，可能需要先通过劳动仲裁或诉讼等程序确认劳动关系，然后再申请工伤认定。不过，即使劳动关系存在争议，也不应忽视工伤认定的申请，因为这是维护劳动者权益的关键步骤。

申请工伤认定的流程

1. 提出申请：用人单位应当在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
2. 提交材料：提出工伤认定申请应当提交下列材料：工伤认定申请表；与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。
3. 审核与调查：社会保险行政部门受理工伤认定申请后，根据审核需要可以对事故伤害进行调查核实，用人单位、职工、工会组织、医疗机构以及有关部门应当予以协助。职业病诊断和诊断争议的鉴定，依照职业病防治法的有关规定执行。对依法取得职业病诊断证明书或者职业病诊断鉴定书的，社会保险行政部门不再进行调查核实。
4. 作出认定决定：社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，出具《认定工伤决定书》或者《不予认定工伤决定书》。对受理的事实清楚、权利义务明确的工伤认定申请，应当在15日内作出工伤认定的决定。

法律后果

如果未按规定申请工伤认定，可能会产生以下法律后果：

1. 用人单位责任：用人单位未在规定时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。这意味着用人单位可能需要承担额外的经济赔偿责任。
2. 劳动者权益受损：劳动者若因未及时申请工伤认定而无法获得工伤保险待遇，其合法权益将受到损害。虽然劳动者可以通过其他途径（如民事诉讼）主张赔偿，但过程可能更为复杂，且赔偿范围和标准可能与工伤保险待遇存在差异。

综上所述，在承包人与被挂靠人的用工主体责任纠纷中，申请工伤认定对于明确责任主体、保障劳动者权益具有重要意义。如果你在此类纠纷中遇到问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律帮助。