合作协议与实际履行事实不同，协议本身并不因此当然无效，但可能面临履行上的争议或法律风险。以下从不同角度为你详细分析：
协议效力层面：
- 合作协议一旦依法成立并生效，即对双方当事人具有法律约束力。协议的效力并不直接因实际履行与协议内容不符而丧失。除非存在法定无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通损害国家或第三人利益、违反法律或行政法规的强制性规定等），否则协议仍然有效。
实际履行与协议不符的法律后果：
- 违约责任：如果一方未按照协议约定履行义务，而实际履行与协议内容存在差异，这可能构成违约。违约方需承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。
- 协议变更或解除：双方可以通过协商一致变更或解除协议，以适应实际履行情况。如果双方无法达成一致，且实际履行情况严重偏离协议约定，导致协议目的无法实现，受损方有权请求法院或仲裁机构变更或解除协议。
- 证据认定问题：在诉讼或仲裁过程中，实际履行情况可能成为认定双方权利义务的重要依据。如果实际履行与协议内容存在显著差异，且双方对此存在争议，法院或仲裁机构将根据证据规则、交易习惯等因素综合判断双方的真实意思表示和实际履行情况。
建议与措施：
- 及时沟通协商：发现实际履行与协议不符时，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。通过协商一致变更协议内容或采取补救措施，可以避免不必要的法律纠纷。
- 保留证据：双方应妥善保留与协议履行相关的证据，包括书面文件、电子邮件、聊天记录、付款凭证等。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中将起到关键作用。
- 寻求法律帮助：如果双方无法就实际履行问题达成一致，或者认为对方的行为构成违约或侵权，建议及时咨询专业律师，了解自身权利义务和可能的法律后果，以便采取合适的法律措施维护自身权益。
示例说明：假设甲乙双方签订了一份合作协议，约定甲负责提供原材料，乙负责加工生产。但在实际履行过程中，甲提供的原材料质量不符合协议约定，导致乙生产的产品存在质量问题。此时，乙可以依据协议约定和法律规定要求甲承担违约责任，包括赔偿损失等。同时，如果双方无法就原材料质量问题达成一致，且该问题严重影响协议目的的实现，乙还有权请求法院或仲裁机构变更或解除协议。
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