结论：签了工伤赔偿协议后，若用人单位未按协议支付赔偿款项，劳动者在特定情况下仍然可以申请劳动仲裁来维护自己的权益。
可以申请劳动仲裁的情况
协议存在可撤销或变更的情形：
- 重大误解：如果劳动者在签订协议时，对工伤的严重程度、赔偿项目或金额等重要内容存在错误认识，且这种误解对其造成了较大损失，可以认为存在重大误解。例如，劳动者因缺乏专业知识而误解了赔偿范围或金额，导致实际获得的赔偿远低于应得数额。此时，劳动者有权申请仲裁，请求撤销或变更协议。
- 显失公平：当赔偿协议约定的赔偿金额明显低于法定的工伤赔偿标准，导致劳动者的合法权益受到极大损害时，可以认为协议显失公平。例如，用人单位利用劳动者的急迫需求或缺乏经验，与其签订了远低于法定赔偿数额的协议。在这种情况下，劳动者同样有权申请仲裁，以维护自身权益。
- 用人单位欺诈、胁迫或乘人之危：如果用人单位在签订协议过程中存在欺诈行为（如故意隐瞒重要信息或提供虚假情况）、以胁迫手段迫使劳动者签订协议（如威胁不支付任何费用），或者乘劳动者之危（如利用劳动者的困境迫使其接受不合理的赔偿条件），劳动者均有权申请仲裁，请求撤销或变更协议。
协议内容违反法律法规强制性规定：
- 如果工伤赔偿协议的内容违反了法律法规的强制性规定（如约定用人单位不承担工伤保险责任），则该协议无效。劳动者可以依据相关法律法规的规定，通过劳动仲裁或诉讼途径要求用人单位承担相应的法律责任。
申请劳动仲裁的程序与注意事项
程序：
- 劳动者需要向劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并按照要求提供相关证据材料，如工伤赔偿协议、沟通记录、医疗记录等。
- 仲裁委员会将依法受理申请，并组织双方进行调解或开庭审理。
注意事项：
- 仲裁时效：劳动者需要在规定的仲裁时效内提出申请。根据法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 证据准备：在申请仲裁前，劳动者应尽可能收集相关证据，以证明协议存在可撤销或变更的情形，或者用人单位存在不正当手段。这些证据可能包括协议文本、沟通记录、证人证言、医疗记录等。
- 法律条款依据：在申请仲裁时，劳动者可以引用《中华人民共和国民法典》中关于可撤销合同的规定，以及《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，来支持自己的主张。
特殊情况说明
已达成并履行部分赔偿协议的情况：
- 如果用人单位与劳动者已经达成了工伤赔偿协议，并且用人单位已经履行了部分赔偿义务，但剩余部分未履行，劳动者仍然可以就剩余部分申请劳动仲裁。
和解或调解协议得到部分履行的情况：
- 在某些情况下，如果双方能够达成和解或调解协议，并且用人单位已经履行了部分义务，但剩余部分未履行，劳动者也可以就剩余部分申请劳动仲裁。
建议：面对用人单位未按工伤赔偿协议支付赔偿款项的情况，劳动者应及时向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。在申请仲裁前，建议劳动者仔细审查工伤赔偿协议的内容，确定是否存在可申请仲裁的情形，并尽可能收集相关证据材料。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。