结论：父母建的房子写儿子的名字，能通过签订协议来明确产权归父母，但该协议的效力及具体实施需根据实际情况和法律规定来综合判断。
分析说明：
协议的法律效力：
- 父母与儿子之间可以就房屋产权问题签订书面协议，明确房屋的实际产权归属。这种协议在法律上通常被视为双方的真实意思表示，只要内容合法、不违反公序良俗，且双方均具备完全民事行为能力，该协议即具有法律效力。
产权登记与实际产权的区分：
- 房屋产权的登记具有公示公信效力，即房屋产权证上登记的名字通常被视为房屋的所有权人。然而，这并不意味着登记的名字就绝对代表了房屋的实际产权。如果父母能够提供充分的证据（如建房出资证明、协议等）证明房屋的实际产权归自己所有，那么在实际纠纷中，这些证据可能被法院采纳，从而确认房屋的实际产权归属。
可能面临的法律风险：
- 外部交易风险：如果房屋产权证上登记的是儿子的名字，而儿子未经父母同意擅自将房屋出售或抵押给第三方，那么父母可能会面临无法追回房屋或无法对抗善意第三人的风险。
- 内部纠纷风险：如果父母与儿子之间就房屋产权问题产生纠纷，且无法通过协商解决，那么可能需要通过法律途径来解决。在这种情况下，协议的效力、证据的充分性等因素都将影响纠纷的解决结果。
建议措施：
- 签订详细协议：父母与儿子应签订详细的书面协议，明确房屋的实际产权归属、双方的权利义务、违约责任等内容。
- 办理产权变更登记（如可能）：如果条件允许，父母可以考虑将房屋产权变更登记到自己名下，以更直接地保护自己的权益。但需注意，这可能需要缴纳一定的税费和费用。
- 保留相关证据：父母应保留好建房出资证明、协议等与房屋产权相关的证据，以备不时之需。
特殊场景：
- 如果儿子已经成年且具备完全民事行为能力，那么父母与儿子之间的协议将更具法律效力。但如果儿子未成年或不具备完全民事行为能力，那么协议的效力可能会受到一定限制，需要父母作为法定代理人代为签订或经过法定程序确认。
后续行动与注意事项：
- 在签订协议前，建议父母与儿子进行充分沟通，确保双方对协议内容有清晰的理解和认同。
- 协议签订后，双方应妥善保管协议原件及相关证据，以备不时之需。
- 如遇纠纷或法律问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
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