结论前置：针对儿子以父亲名义建房，且出资人为儿子、父亲仅为名义上无产权的情况，建议通过签订书面协议明确双方权利义务，以避免未来可能产生的法律纠纷。以下为具体协议要点及法律分析：

1. 协议核心内容

• 出资主体明确：协议中应明确房屋建设资金全部由儿子提供，包括但不限于土地购置费、建筑材料费、施工费等。
• 产权归属约定：需清晰约定房屋建成后，产权归儿子所有，父亲仅为名义上的登记人，不享有实际产权。
• 名义登记责任：父亲作为名义登记人，应承诺不擅自处分房屋（如出售、抵押等），并配合儿子办理相关产权变更手续。
• 风险承担条款：明确因名义登记可能产生的法律风险（如父亲债务导致房屋被查封）由谁承担，以及相应的解决机制。
• 协议生效条件：可约定协议自双方签字（或公证）之日起生效，并明确协议的修改、解除条件。

2. 法律分析

• 物权法角度：根据《中华人民共和国民法典》物权编，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。但若能证明实际出资人为儿子，且双方有明确约定，儿子可依据协议主张实际权利。
• 合同效力角度：双方签订的书面协议，只要内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。
• 风险防范角度：名义登记可能引发多种法律风险，如父亲对外负债导致房屋被执行、父亲去世后房屋作为遗产被继承等。通过协议明确权利义务，可有效降低这些风险。

3. 协议形式建议

• 书面协议：务必采用书面形式，避免口头约定导致的举证困难。
• 公证增强效力：可考虑对协议进行公证，以增强其证据效力。
• 律师见证：如有条件，可邀请律师作为见证人，确保协议签订过程的合法性和有效性。

4. 后续操作建议

• 保留出资凭证：儿子应妥善保留所有出资凭证，如银行转账记录、收据等，以备不时之需。
• 及时办理产权变更：在符合条件时，应及时将房屋产权变更至儿子名下，以彻底消除名义登记带来的风险。

总结：为避免未来可能产生的法律纠纷，建议儿子与父亲签订书面协议，明确房屋的实际出资人、产权归属、名义登记责任等关键条款。如有进一步疑问或需要具体协议模板，可直接向我咨询。