核心结论：针对您“建房证是父亲名、费用本人出资，与兄弟协议怎么写”的问题，关键在于协议要明确出资事实、房屋权属、使用管理、后续处理等内容，以避免日后可能出现的纠纷。以下为您详细介绍协议应包含的要点及示例条款。

协议应包含的要点

1. 明确出资情况：清晰说明建房的费用全部由您出资，包括各项具体费用的明细，如建筑材料费、施工费等，最好能附上相关的出资凭证，如发票、转账记录等。
2. 确定房屋权属：虽然建房证是父亲的名字，但要在协议中明确房屋的实际权属情况。可以约定房屋归您所有，或者按照一定的比例由您和兄弟共同所有，具体比例根据实际情况确定。
3. 规定使用和管理：明确房屋的使用规则，比如谁可以居住、使用，以及日常的维护、管理责任由谁承担等。
4. 约定后续处理：考虑未来可能出现的情况，如房屋的转让、继承、拆迁等，在协议中提前约定好相应的处理方式，以保障各方的权益。

协议示例条款

房屋出资及权属协议

甲方（出资方）：[您的姓名] 乙方（兄弟方）：[兄弟姓名]

鉴于：

1. 位于[房屋具体地址]的房屋，建房证登记在父亲[父亲姓名]名下。
2. 该房屋的建造费用全部由甲方出资，具体出资情况如下：
   • 建筑材料费：[X]元，出资时间为[具体时间]，出资方式为[现金/转账等]，附相关凭证[凭证编号]。
   • 施工费：[X]元，出资时间为[具体时间]，出资方式为[现金/转账等]，附相关凭证[凭证编号]。
   • 其他费用：[列举其他费用及金额]，出资时间为[具体时间]，出资方式为[现金/转账等]，附相关凭证[凭证编号]。

经甲乙双方友好协商，就上述房屋的出资及权属等相关事宜达成如下协议：

一、房屋权属

1. 考虑到甲方全额出资建造该房屋，双方约定该房屋归甲方所有。但为尊重父亲意愿及家庭和谐，建房证暂不进行变更登记，仍登记在父亲名下。
2. 若未来涉及房屋产权变更登记，乙方应积极配合甲方办理相关手续，不得设置任何障碍。

二、房屋使用和管理

1. 甲方拥有该房屋的优先居住权和使用权。在甲方不居住或使用的情况下，乙方经甲方同意后可暂时居住或使用，但应妥善保管房屋及附属设施，如有损坏应负责修复或赔偿。
2. 房屋的日常维护、修缮等费用由甲方承担。但因乙方使用不当造成的损坏，由乙方承担维修费用。

三、后续处理

1. 转让：若甲方需要转让该房屋，乙方在同等条件下享有优先购买权。甲方应提前[X]天通知乙方，乙方应在接到通知后的[X]天内作出是否购买的答复。若乙方逾期未答复或明确表示不购买，甲方可将房屋转让给第三方。
2. 继承：若父亲去世，该房屋的继承按照本协议的约定执行，不适用法定继承。即该房屋由甲方继承，乙方不得主张继承权。
3. 拆迁：如遇房屋拆迁，拆迁补偿款归甲方所有。但甲方应按照乙方对房屋的贡献情况（如有），给予乙方一定的经济补偿，具体补偿金额由双方另行协商确定。

四、违约责任

若一方违反本协议的约定，应向对方支付违约金[X]元，并赔偿对方因此遭受的全部损失。

五、争议解决

本协议在履行过程中如发生争议，双方应首先友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向房屋所在地的人民法院提起诉讼。

六、其他条款

1. 本协议自双方签字（或盖章）之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。
2. 本协议未尽事宜，可由双方另行签订补充协议，补充协议与本协议具有同等法律效力。

甲方（签字/盖章）：__________________ 日期：___年_月____日

乙方（签字/盖章）：__________________ 日期：___年_月____日

以上协议内容仅供参考，您可以根据实际情况进行调整和修改。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，随时都可以问我。