核心结论：父母房子上儿子盖房，若要写协议明确产权归儿子，需确保协议内容合法、明确双方权利义务，并建议办理相关登记手续。以下是具体分析和建议：

1. 协议内容合法性：

   • 尊重原产权：首先，必须明确父母对原房屋的产权。儿子在父母房屋上盖房，并不直接改变原房屋的产权归属。因此，协议中应明确表述，新建部分（或整个房屋，如果双方有约定）的产权归属儿子，同时尊重父母对原房屋的产权。
   • 合法建造：确保儿子的盖房行为是合法的，即已取得必要的建设许可和规划许可。如果盖房行为未经批准，可能会面临拆除等法律风险，进而影响产权协议的效力。
   • 无欺诈、胁迫：协议的签订应基于双方自愿、平等、公平的原则，无欺诈、胁迫等情形。否则，协议可能被撤销或认定为无效。

2. 协议内容明确性：

   • 产权归属：在协议中明确新建部分（或整个房屋）的产权归属儿子。可以详细描述房屋的位置、面积、结构等特征，以避免未来产生争议。
   • 双方权利义务：明确父母和儿子在房屋使用、维护、管理等方面的权利和义务。例如，父母是否有权居住、使用房屋；儿子是否需要承担房屋的维修费用等。
   • 违约责任：约定如果一方违反协议约定，应承担的违约责任和赔偿方式。这有助于增强协议的约束力和可执行性。

3. 办理相关登记手续：

   • 产权登记：如果可能，建议将新建部分（或整个房屋）的产权登记在儿子名下。这有助于明确产权归属，减少未来可能产生的争议。
   • 变更登记：如果原房屋产权需要变更或分割，应按照相关法律法规的规定办理变更登记手续。这可能需要提供协议、身份证明、产权证明等材料。

4. 示例协议条款（仅供参考，具体条款应根据实际情况调整）：

   • 第一条 产权归属：甲方（父母）同意乙方（儿子）在甲方房屋上新建房屋，新建房屋的产权归乙方所有。
   • 第二条 双方权利义务：甲方有权居住、使用新建房屋，但不得擅自处分；乙方负责新建房屋的维修、保养等费用。
   • 第三条 违约责任：如一方违反本协议约定，应向对方支付违约金XX元，并赔偿因此造成的损失。

建议：在签订协议前，建议双方充分沟通、协商，确保协议内容符合双方的真实意愿和利益。如有必要，可以请专业律师协助起草或审查协议，以确保协议的合法性和有效性。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。