针对您提出的“在公司和同事有互殴行为公司可以进行罚款吗”这一问题，其合法性确实取决于多个方面，下面我将为您详细分析：
首先，我们需要明确的是，罚款作为行政处罚权，原则上仅由具有行政处罚权的行政机关、司法机关等特定主体实施。企业，包括您的公司，并不天然具备对员工进行罚款的权力，除非得到法律的特别授权。
接下来，我们分情况讨论公司罚款的合法性：
不合法的情况：
- 如果公司未经法律特别授权，仅凭自身名义对打架的员工进行罚款，这缺乏法律依据，属于不合法行为。
- 若公司关于打架罚款的规章制度未经过职工代表大会或全体职工讨论，也未与工会或职工代表平等协商确定，即制定程序不合法，那么该规章制度不合法，基于该规章制度的罚款行为亦属不合法。
- 如果公司规章制度中的罚款内容违反了法律法规的强制性规定，比如罚款金额过高至严重影响员工基本生活，或者对打架行为的界定模糊随意，那么这样的规章制度内容也是不合法的，罚款行为同样失去合法性基础。
合法的情况：
- 如果公司的规章制度已经过合法的民主程序制定，即已履行了职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表平等协商等程序，并进行了公示或告知，那么该规章制度具备合法性和有效性。
- 在这样的合法规章制度中，如果明确将员工在公司内打架的行为列为严重违反公司纪律的情形，并规定了相应的罚款措施（这里应理解为违约金性质的扣款，而非无限制的罚款），且罚款数额合理，不损害员工的基本权益，那么公司在员工确实出现打架行为时，依据该规章制度进行罚款，是有可能被认定为合法行为的。
员工权益保护建议：
- 如果您认为公司的罚款行为不合法，首先应与公司进行协商沟通，要求公司说明罚款的依据和理由，并尝试达成和解。
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，您应提供充分的证据来证明公司的罚款行为不合法。
总结与建议：
公司因员工打架进行罚款的合法性并不是绝对的，它取决于公司规章制度的制定程序、内容以及执行方式等多个因素。为避免潜在的法律风险，公司应确保规章制度的合法性和合理性，并在执行过程中严格遵守相关法律法规。同时，作为员工，您也应了解自己的权益和义务，在遭遇不合法罚款时积极寻求法律救济途径。最终，我们共同的目标是构建一个和谐、稳定的工作环境，避免冲突和纠纷的发生。