结论：事业工勤人员2016年因交通肇事罪被判三缓三，是否会被开除，需结合具体情况判断，但通常情况下，存在被开除的可能性。以下从不同角度进行分析：
一、法律规定角度
《事业单位工作人员处分暂行规定》：
- 根据该规定，事业单位工作人员被依法判处有期徒刑以上刑罚（含宣告缓刑）的，给予开除处分。交通肇事罪虽为过失犯罪，但一旦被判处有期徒刑（包括缓刑），原则上符合开除处分的条件。
特殊情形：
- 若事业单位工作人员因故意犯罪被判处管制、拘役或者有期徒刑以上刑罚（含宣告缓刑）的，应当给予开除处分。对于过失犯罪，如交通肇事罪，虽然法律未明确规定必须开除，但单位在行使处分权时，通常会考虑犯罪的性质、情节以及社会影响等因素。
二、单位政策与实际情况角度
单位内部规定：
- 不同的事业单位可能有不同的内部规定或规章制度，对于员工犯罪后的处理方式可能有所差异。因此，具体是否会被开除，还需参考所在单位的内部规定。
社会影响与单位形象：
- 交通肇事罪虽然属于过失犯罪，但一旦涉及人员伤亡或重大财产损失，往往会引起社会关注。单位在考虑是否开除员工时，可能会权衡社会影响、单位形象以及员工的工作表现、悔过态度等因素。
员工表现与悔过态度：
- 如果员工在犯罪后表现出深刻的悔过态度，积极赔偿损失，且在工作中有良好表现，单位可能会考虑给予一定的宽大处理，如减轻处分或不开除。但这种情况并非绝对，需具体问题具体分析。
三、实际操作建议
了解单位规定：
- 首先，建议了解所在单位的内部规定或规章制度，明确对于员工犯罪后的处理方式。
积极沟通与悔过：
- 如果面临被开除的风险，建议积极与单位沟通，表达悔过态度，并展示自己在工作中的积极表现和贡献。
寻求法律援助：
- 如果认为单位的处分决定不公正或存在违法行为，可以寻求法律援助，维护自己的合法权益。
总结与建议：事业工勤人员因交通肇事罪被判三缓三，是否会被开除需结合具体情况判断。虽然法律未明确规定必须开除，但单位在行使处分权时通常会考虑多种因素。因此，建议了解单位规定、积极沟通与悔过，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。