结论：公司因员工通时（通话时长）不足罚款100元是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下不合法，但若符合特定条件可能合法。以下从不同角度详细分析：

一、从罚款的合法性依据角度分析

1. 用人单位无行政处罚权
   根据《行政处罚法》规定，罚款属于行政处罚，只能由法律、法规授权的行政机关（如劳动监察部门）行使。用人单位作为民事主体，无权自行设定罚款条款，即使劳动合同或规章制度中约定了罚款，也因缺乏法律依据而无效。

2. 例外情形：扣减工资需符合法定条件
   若公司以“通时不足”为由扣减工资，需满足以下条件：

   • 规章制度合法：需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、公示或告知员工；
     
   • 内容合理：扣减金额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 与损失挂钩：需证明“通时不足”直接导致公司经济损失（如业务量减少），且扣减金额与损失相当。
     若未满足上述条件，扣减工资仍属违法。

二、从“通时不足”的性质角度分析

1. 若通时为绩效考核指标
   若公司通过绩效考核管理员工（如设定通话时长目标），但未将考核结果与罚款挂钩，而是通过调整奖金、晋升等方式激励，则合法。
   但若直接将未达标与罚款结合，仍违反前述“无行政处罚权”原则。

2. 若通时为岗位核心要求
   若员工岗位明确要求通话时长（如客服），且公司能证明“通时不足”严重违反岗位职责（如导致客户流失），可能构成《劳动合同法》第39条规定的“严重失职”，公司可解除劳动合同，但仍无权罚款。

三、从员工维权角度分析

1. 违法罚款的后果
   若公司违法罚款，员工可：

   • 要求返还罚款：通过劳动仲裁主张公司返还被扣款项；
     
   • 主张赔偿：若罚款导致工资低于最低标准，可要求公司补足差额并支付赔偿金；
     
   • 解除合同并索赔：若公司以罚款为由变相逼迫离职，员工可主张被迫解除劳动合同，要求经济补偿。

2. 举证责任
   员工需提供证据证明罚款事实（如工资条、扣款通知、规章制度等），公司则需证明罚款的合法性（如规章制度程序合法、损失证明等）。

四、实务建议

1. 对公司：

   • 避免直接使用“罚款”表述，可通过绩效考核调整奖金、晋升等；
     
   • 若需扣减工资，确保规章制度合法、扣减比例合理，并保留损失证据。

2. 对员工：

   • 保留工资条、扣款通知等证据；
     
   • 若遇违法罚款，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结：公司因通时不足罚款100元，大概率不合法，但需结合规章制度合法性、扣减比例、损失证明等因素综合判断。若您遇到此类情况，可直接向我咨询具体细节，我会帮您分析维权方案。