结论：迟到一小时扣100元是否合法，需根据具体情况判断，但这种高额罚款很可能构成违法行为，因为它可能违反了劳动法的公平原则和工资保护规定。
法律框架与原则
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 这意味着用人单位在支付工资时，必须遵循法定标准，不得随意克扣。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
- 经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
具体分析
扣款金额是否合理：
- 迟到一小时扣100元的做法，其罚款金额是否合理，需考虑迟到行为给用人单位造成的实际经济损失。
- 通常情况下，迟到一小时不太可能给用人单位造成100元的经济损失，因此这种高额罚款很可能被视为对劳动者的不合理惩罚。
公司规章制度的有效性：
- 用人单位有权通过制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，并经过民主程序制定和公示。
- 如果公司的规章制度中规定了不合理的罚款条款，如迟到一小时扣100元，这样的条款可能因违反法律法规而无效。
实际执行中的考量：
- 在实际操作中，如果用人单位确实因为员工的迟到行为遭受了重大损失，可以按照法律规定要求员工赔偿。
- 但这种赔偿应当基于实际损失，并且扣除的金额不得超过法律规定的上限。
可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果用人单位违反法律规定，随意克扣员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉举报，要求用人单位支付被克扣的工资，并可能面临劳动保障行政部门的处罚。
建议：
- 用人单位：应制定合理的考勤制度和罚款标准，确保既符合法律法规的要求，又能有效管理员工。罚款标准应基于实际损失，并不得超过法律规定的上限。
- 员工：在面对不合理的罚款时，可以与公司沟通协商，要求公司出示罚款的合法依据。如果公司无法提供合法依据，员工可以向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
示例说明：假设某员工的月工资为3000元，按照《工资支付暂行规定》第十六条，每月最多只能扣除600元（3000元的20%）作为经济损失的赔偿。如果公司因为员工迟到一小时而扣除100元，虽然这个金额没有超过月工资的20%，但如果迟到行为并未给公司造成实际经济损失或损失远低于100元，那么这种扣除就可能被视为不合理。
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