迟到一小时扣多少钱合法并没有固定的标准答案，具体扣款金额需由用人单位依法在其规章制度中合理设定，且扣款后工资不得低于法定标准。以下是对此问题的详细分析：

一、合法性基础与制定规则的条件

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权制定内部规章制度，包括对员工迟到等行为的处罚措施。但这些规章制度的制定必须遵循合法程序，内容需合理且不得违反法律法规。

2. 合法制定规则的条件：

   • 程序合法：规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 内容合法合理：扣款数额应合理设定，不能畸高，不能以迟到为由过度克扣劳动者工资。例如，不能规定迟到一小时就扣除全天工资，这样的规定显然不合理。
   • 公示或告知：规章制度应公示或告知劳动者，确保员工知晓相关规定。这可以通过内部公告、员工手册、电子邮件等方式进行。

二、扣款金额的具体规定与限制

1. 合理设定扣款金额：

   • 用人单位可以根据员工的迟到时长、工资水平等因素，合理设定扣款金额。但扣款总额不得超过当月工资的20%，这是根据《工资支付暂行规定》第十六条的规定，即“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%”。虽然这一条款直接针对的是经济损失赔偿，但迟到扣款也可参照此精神，确保扣款金额的合理性。
   • 扣款后工资不得低于当地最低工资标准。这是保障劳动者基本生活需要的底线，用人单位必须遵守。

2. 避免过度扣款：

   • 无论员工迟到多久，扣款金额都不得突破上述法律限制。否则，扣款行为将被视为不合法，员工有权提出异议并维护自己的合法权益。

三、实际操作建议与权益保障

1. 明确规章制度：

   • 用人单位应在规章制度中明确规定迟到扣款的具体标准和程序，并确保已向员工公示和告知。这样既可以规范员工的行为，也可以避免因扣款问题引发的劳动争议。

2. 合法合规操作：

   • 在执行扣款时，用人单位应严格遵守法律法规和规章制度的规定，确保扣款行为的合法性和合理性。例如，不能随意更改扣款标准，不能对同一员工重复扣款等。

3. 沟通与管理：

   • 为了减少员工迟到现象，用人单位应加强沟通、优化管理，提高员工的工作积极性和出勤率。例如，可以通过设置弹性工作时间、提供必要的交通补贴、加强员工培训等方式来激励员工按时到岗。

4. 权益保障：

   • 如果员工认为用人单位的扣款规定不合法或不合理，可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以支持自己的主张。

举例说明： 假设某员工的月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。如果该员工迟到一小时，用人单位根据规章制度决定扣款。那么，扣款金额应合理设定，且不得超过当月工资的20%（即1000元），同时扣款后工资不得低于最低工资标准（即2000元）。如果用人单位规定迟到一小时扣款500元，这是合理的；但如果规定扣款1500元，则超出了法律限制，员工有权提出异议。

综上所述，迟到一小时扣多少钱合法并没有固定的标准答案，而是需要用人单位在遵循法律法规的基础上，结合实际情况合理设定。同时，用人单位也应加强内部管理，确保扣款行为的合法性和员工的合法权益得到保障。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。