结论前置：在建设工程合同无效但清算协议有效的情况下，主要依据的是合同无效与清算协议独立性的相关法律规定。具体来说，即使建设工程合同因违反法律强制性规定而无效，但双方后续签订的清算协议，只要内容合法、意思表示真实，通常会被认定为有效。
一、建设工程合同无效的情形
根据《中华人民共和国民法典》及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，建设工程合同在以下情形下会被认定为无效：
承包人未取得建筑业企业资质或者超越资质等级：建筑施工活动专业性强且伴有危险性，要求承包人必须具备相应资质以确保工程质量和施工安全。无资质或超越资质承揽工程均属违法，合同无效。
没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义：即“挂靠”行为，被挂靠企业通常仅收取管理费，不对施工进行实质性管理，易引发工程质量和安全问题，合同无效。
建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效：招标是确保市场竞争公平、公正、公开的重要方式，对于关系社会公共利益和安全的项目，法律强制要求招标。未招标或中标无效则违反法律强制性规定，合同无效。
转包、违法分包建设工程：转包指承包人将其全部工程转给第三人或以分包名义支解后分别转包；违法分包包括分包给无资质单位等。这些行为扰乱市场秩序，影响工程质量，合同无效。
承包人未取得建设工程规划许可证等规划审批手续：建设工程需符合城乡规划，取得规划审批是合法建设的前提。未取得审批即签订合同并施工，合同因违反法律强制性规定而无效，但发包人在起诉前取得审批的除外。
二、清算协议的有效性
在建设工程合同无效的情况下，双方后续签订的清算协议，其有效性主要取决于以下因素：
内容合法性：清算协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。
意思表示真实性：双方签订清算协议时，必须基于真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
不损害国家、集体和第三人利益：清算协议的签订和履行，不得损害国家、集体和第三人的合法权益。
法律分析：
合同无效与清算协议独立性：建设工程合同无效，并不意味着双方之间的所有法律关系都归于无效。特别是当双方已经就工程款的结算、支付等事项达成清算协议时，该清算协议具有相对独立性。只要清算协议本身符合上述有效性要件，即使原建设工程合同无效，清算协议仍然有效。
法律后果：在清算协议有效的情况下，双方应当按照清算协议的约定履行各自的义务。如果一方不履行或履行不符合约定，另一方有权依据清算协议向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任。
三、建议与注意事项
及时签订清算协议：在建设工程合同无效或可能无效的情况下，双方应及时就工程款的结算、支付等事项签订清算协议，以明确双方的权利义务关系。
确保清算协议内容合法、意思表示真实：在签订清算协议时，双方应确保协议内容合法合规，且基于真实的意思表示。必要时，可以寻求专业律师的协助，以确保清算协议的有效性。
保留相关证据：在签订和履行清算协议的过程中，双方应保留好相关证据，如合同、结算单、支付凭证等，以备不时之需。
及时寻求法律救济：如果一方不履行或履行不符合清算协议的约定，另一方应及时向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
作为谭正德律师，我擅长处理刑事辩护和合同纠纷领域的法律问题。如果您在建设工程合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。