建设工程施工合同无效时，合同条款的效力并非一概而论，而是需要根据条款的性质和内容，结合相关法律规定进行综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、无效合同下条款的一般原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当建设工程施工合同被认定为无效时，该合同自始没有法律约束力。这意味着合同中的大部分条款，特别是那些直接依赖于合同有效性的条款，如工程价款结算、质量标准、建设工期等，将失去法律效力。这些条款的存在基础是有效的合同，合同无效后，它们自然也随之失效。
二、特殊条款的独立性及效力
尽管合同整体无效，但某些条款可能因其独立性而保持有效。这些条款主要包括：
争议解决条款：
- 法律依据：根据《民法典》第五百零七条的规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。
- 实际应用：如果建设工程施工合同中包含了关于仲裁或诉讼的约定，即使合同被认定无效，双方仍需按照该约定来解决争议。例如，合同约定了通过某仲裁机构进行仲裁，那么在合同无效后产生的纠纷，依然应当通过该仲裁机构进行解决。
清理和结算条款：
- 独立性原则：这些条款通常是独立存在的，不依赖于合同的有效前提。
- 有效性判断：只要清理和结算条款本身内容合法、明确，且能够独立执行，它们通常会被视为有效。
- 实际应用：例如，合同中约定了在合同解除或无效时，双方应按照一定方式对已完工程进行核算并退还相应款项。这种条款在合同无效后，仍然具有法律效力，双方应依约履行。
关于合同无效后损失赔偿责任的承担约定：
- 法律依据：依据《民法典》第五百六十七条，合同权利义务关系的终止不影响结算和清理条款的效力。这些清理条款通常涵盖合同无效后已完成工作的处理、财产返还、损失赔偿等内容。
- 实际应用：如果合同中明确约定了因合同无效导致损失时的赔偿计算方法或责任承担方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这些条款在合同无效后可能仍然有效，用于处理合同无效后的损失赔偿责任。
三、司法实践中的考量因素
在司法实践中，法院在判断建设工程施工合同无效时条款的效力时，会综合考虑以下因素：
- 当事人的真实意思表示：若当事人在签订合同时明确约定了即使合同无效，某些条款仍有效，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，法院可能会尊重当事人的意思自治，认定这些条款有效。
- 利益平衡：法院会审查条款的内容是否合理、公平，能否平衡当事人之间的利益关系。如果条款有助于弥补因合同无效给一方造成的损失，防止另一方获得不当利益，法院可能会认定其有效。
- 诚实信用原则和公序良俗：法院会确保条款符合诚实信用原则和公序良俗的要求。若条款违背这些基本原则，法院将认定其无效。
四、实际操作与建议
在处理建设工程施工合同无效后的相关纠纷时，应准确适用法律规定，仔细审查合同条款的性质和内容，以判断其是否有效。同时，为了维护各方的合法权益，我建议：
- 仔细审查合同条款：在签订合同时，应尽可能明确各条款的性质和内容，特别是那些可能具有独立性的条款，如争议解决条款、清理和结算条款等。
- 咨询专业意见：在合同无效后产生纠纷时，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和指导，确保自己的权益得到妥善维护。
总结来说，建设工程施工合同无效时，合同条款的效力需根据具体情况进行判断。争议解决条款、清理结算条款以及关于合同无效后损失赔偿责任的承担约定等，因其特殊性质，往往能在合同无效后继续保持法律效力。而其他直接依赖于合同有效的条款，则会随合同无效而失效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。