合同无效时，清算条款的有效性并非绝对，而是取决于其独立性、合法性以及与合同其他部分的关系。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与原理
《中华人民共和国民法典》第五百零七条：该条款规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。虽然该条文未直接提及清算条款，但清算条款在性质上与解决争议方法的条款相似，均旨在处理合同终止后的相关事宜，因此具有一定的独立性。
清算条款的独立性：清算条款的目的在于对合同履行过程中或合同终止后的经济往来进行清理和计算，以确定双方的权利义务关系。这种功能使得清算条款在合同无效后仍然具有存在的必要性。如果清算条款能够独立于合同其他部分存在，且其内容未受合同无效原因的影响，那么它们通常被视为有效。
合法性要求：清算条款必须遵守法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益或第三人合法权益。如果清算条款本身存在违法情形，如涉及不公平的交易条件、欺诈、胁迫等，那么它们可能因违法而无效。
与合同其他部分的关系：如果清算条款与合同其他无效部分关系密切，例如它们是基于合同中的非法目的或违法行为而设立的，那么这些条款可能因与合同无效部分不可分割而一同无效。相反，如果这些条款是独立的，且与合同无效部分无直接关联，那么它们的有效性通常不受影响。
实际案例说明
以建设工程施工合同为例，假设合同因乙方不具备相应资质而被认定无效。然而，合同中约定的工程价款结算方式（如按照实际完成的工程量乘以固定单价进行结算）是独立的，且未违反法律法规。在这种情况下，尽管合同整体无效，但结算条款（作为清算条款的一部分）仍然有效。双方应按照该结算条款来确定甲方应支付给乙方的工程价款，以妥善处理后续事宜。
特殊情况下的无效风险
条款本身违法：如果清算条款涉及非法利益分配（如赌债结算）或严重违反法律法规的强制性规定，那么该条款可能被视为无效。
与主合同不可分：若清算条款与合同无效的部分紧密相关、无法分割，例如它们是基于合同中的同一非法目的而设立的，那么该清算条款也可能被视为无效。
恶意串通损害第三方权益：如果清算条款用于掩盖非法目的（如转移资产逃避债务），法院将依职权宣告其无效。
法律建议
在签订合同时：务必审慎对待清算条款，确保其合法性和有效性。清算条款应尽可能独立于合同其他部分，以减少因合同无效而影响其效力的风险。
在合同无效后：如果双方对清算条款的效力存在争议，应及时咨询专业律师（即我本人），通过法律途径解决争议。在处理清算事宜时，应遵循公平、合理的原则，确保双方的权利义务得到妥善处理。
综上所述，合同无效时清算条款的有效性并非一成不变，而是需根据具体情况灵活判断。在签订合同时，建议咨询我以确保合同条款的合规性和有效性；在合同无效后，如有任何疑问或争议，也请直接向我咨询以获取专业的法律建议。