针对法院判决公司赔偿个人房屋维修费但无发票时公司账务的处理问题，核心结论是：公司需根据实际情况选择合理的账务处理方式，确保符合会计准则和税法规定，同时保留好相关证据以备税务检查。以下是具体分析：

1. 账务处理原则
   根据《企业会计准则》和税法规定，企业发生的支出需取得合法有效的凭证（如发票）才能税前扣除。但若因客观原因无法取得发票（如个人维修服务未开具发票），公司仍需按实际支付金额入账，但可能面临税务调整风险。此时，账务处理应遵循“真实性、合理性、相关性”原则，确保支出与经营活动直接相关且金额合理。

2. 具体处理方式

   • 若判决已生效且支付义务明确：
     公司可凭法院判决书、支付凭证（如银行转账记录）、个人收据等作为原始凭证，将赔偿款计入“营业外支出”科目（反映非日常经营活动产生的支出）。同时，在所得税汇算清缴时，需对该部分支出进行纳税调整，即调增应纳税所得额（因无发票不得税前扣除）。
     
   • 若个人能补开发票：
     建议优先要求个人到税务机关代开发票（需缴纳个人所得税等税费），公司凭发票入账并税前扣除，避免税务风险。
     
   • 若个人拒绝补开发票且金额较大：
     公司可考虑通过法律途径（如申请强制执行）要求个人配合提供发票，或向税务机关说明情况并申请特殊处理（如提供其他证明材料替代发票）。

3. 税务风险防范

   • 保留完整证据链：除法院判决书外，还需留存支付记录、个人身份信息、维修合同（如有）等，以证明支出真实性。
     
   • 主动沟通税务机关：若对税务处理存在疑问，可提前与主管税务机关沟通，说明无发票原因及处理方式，降低被认定为“偷税”的风险。
     
   • 定期自查账务：确保赔偿款未被重复入账或虚列成本，避免引发其他税务问题。

4. 特殊情况处理
   若赔偿款涉及房屋原值或装修费用（如维修后房屋价值显著提升），可能需按税法规定分摊至房屋折旧或长期待摊费用中，具体需结合房屋用途（如自用或出租）和税法条款判断。

总结：公司应优先通过合法途径获取发票以实现税前扣除；若无法取得，需按实际支付入账并接受税务调整，同时完善证据链以应对潜在检查。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。