结论：建房合同原本写的是修一层，后面商议修两层，合同内容是需要进行相应修改的，以确保合同条款与实际施工情况一致，避免后续可能产生的纠纷。

法律背景与建议：

1. 合同变更的必要性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，一旦成立，对双方均具有法律约束力。若合同内容发生变更，如建房层数从一层变为两层，这属于合同实质性内容的变更，必须经双方协商一致，并以书面形式进行确认，即修改原合同或签订补充协议。
   • 口头商议虽然可能表达了双方的意愿，但在法律上，口头协议往往难以证明，且容易引发争议。因此，为了保障双方的权益，建议将变更内容以书面形式固定下来。

2. 合同修改的具体操作：

   • 修改原合同：双方可以在原合同上直接进行修改，并签字或盖章确认。但这种方式可能不够规范，容易在修改处产生歧义。
   • 签订补充协议：更推荐的方式是双方签订一份补充协议，明确约定建房层数变更为两层，以及由此可能产生的其他变更（如工期、造价等），并附在原合同之后。补充协议与原合同具有同等法律效力。

3. 可能产生的法律后果：

   • 如果未修改合同而直接按照两层进行施工，一旦后续发生纠纷（如造价争议、工期延误等），双方可能因合同条款与实际施工情况不符而难以维权。
   • 特别是对于发包方（即房主）而言，如果未通过合同明确变更内容，可能面临承包方（即施工方）以原合同为依据主张权利的风险。

4. 其他注意事项：

   • 在修改合同或签订补充协议时，建议双方明确约定变更后的工期、造价、付款方式等关键条款，以避免后续争议。
   • 如果可能的话，可以邀请第三方（如律师、公证员等）参与合同的修改或补充协议的签订过程，以确保合同的合法性和有效性。

行动建议：

• 立即与对方联系，就建房层数的变更进行协商，并达成一致意见。
• 尽快修改原合同或签订补充协议，明确变更内容及相关条款。
• 在修改或签订过程中，注意保留好相关证据（如聊天记录、邮件往来等），以备不时之需。

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