针对您提出的“双方盖章的合同要修改怎么办”的问题，这是一个涉及合同变更的重要法律问题，需要谨慎且合法地处理。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本原则
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的变更必须基于双方当事人的协商一致。这意味着，任何对合同的修改都需要得到合同双方的共同同意。
书面确认原则：
- 所有修改内容必须以书面形式明确记录，并由双方签字盖章确认。这是为了确保修改的正式性和法律效力，避免口头协议可能带来的争议。
二、具体操作方法
直接修改并重新盖章：
- 适用情况：当合同修改内容较少且非根本性时，可以考虑在原合同上直接进行修改。
- 操作步骤：
- 在原合同上明确标注修改部分，并注明修改日期。
- 双方在修改处加盖公章（或合同专用章），并由法定代表人或授权代表签字确认。
- 考虑在合同中添加专门条款，说明修改内容、原因和生效条件。
签订补充协议：
- 适用情况：当修改内容较多或对原合同结构有较大影响时，建议签订补充协议。
- 操作步骤：
- 起草一份详细的补充协议，明确列出需要修改的条款及修改后的具体内容。
- 补充协议应与原合同具有同等法律效力，需双方加盖公章并签字。
- 确保补充协议内容明确、具体，避免歧义，并与原合同保持一致。
解除原合同并重新签订：
- 适用情况：当合同修改涉及根本性变更，导致原合同主要条款和目的发生重大变化时，应考虑解除原合同并重新签订。
- 操作步骤：
- 双方协商一致解除原合同，并明确解除的原因、权利义务终止情况及善后处理事项。
- 根据新的协商结果重新签订一份全新的合同，并确保新合同符合相关法律法规的要求。
三、注意事项
充分沟通：
- 在修改合同前，必须与对方进行充分的沟通和协商，确保双方都有意愿对合同进行修改，并就修改内容达成一致。
遵守法律法规：
- 在修改合同时，要严格遵守相关法律法规的规定，确保修改内容不违反任何强制性法律规定。特别是涉及特殊领域（如房地产、金融等）的合同，还需考虑该领域的特定法律法规要求。
保留证据：
- 妥善保管好修改前后的合同文本和修改协议，以备将来可能出现的争议或纠纷。如果可能的话，还可以考虑将修改过程进行公证或备案，以增强其法律效力。
更新合同管理系统：
- 如果所在公司或组织有合同管理系统，应及时将修改后的合同信息更新到系统中，以确保合同的准确性和完整性。
综上所述，修改已盖章的合同是一个复杂且敏感的过程，需要双方充分沟通、协商一致，并严格遵守相关法律法规和程序要求。通过遵循上述步骤和注意事项，您可以降低因合同修改而引发的风险和纠纷的可能性。如果您在修改合同过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询专业律师。