当双方已经签字盖章的合同需要修改时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。根据合同法的相关规定以及实际操作中的常见做法，我为您详细解答如下：
一、双方协商一致修改
签订补充协议：
- 当合同双方就修改事宜达成共识后，最稳妥的方式是签订一份书面的补充协议。
- 在补充协议中，需要明确写出要修改的具体内容，包括但不限于修改的条款、修改后的内容、生效时间等。
- 补充协议和原合同一样，具有同等的法律效力，这样能充分保障双方的权益。
直接在原合同上修改并盖章确认：
- 如果双方协商后都同意，且修改内容较少、明确无误，也可以在原合同需要修改的地方直接进行修改。
- 修改后，双方需要在修改处加盖公章或合同专用章，并由双方的授权代表签字确认。
- 但这种方式需要格外小心，必须确保修改的内容清楚明了，不会产生误解，以避免后续出现争议。
二、因法定情形修改
- 如果签订合同时存在重大误解、显失公平等法定可撤销的情况，当事人有权向法院或者仲裁机构提出撤销合同的申请。
- 合同被撤销后，双方可以重新签订一份新合同，以此保障合同的公平性与合法性。
三、一方擅自修改无效
- 必须强调的是，如果一方在未经对方同意的情况下，私自对已签字盖章合同的关键条款进行修改，那么这种修改行为是无效的。
- 例如，一方私下更改了合同中的金额、交货时间等重要内容，该修改不会产生变更合同的效力。
四、实际操作建议
评估修改内容：
- 在决定修改合同前，双方应首先评估修改内容的多少和复杂性。
- 如果修改内容较多或情况复杂，重新签订一份完整的合同可能是更合适的选择。
保留书面材料：
- 无论选择哪种修改方式，双方都应达成共识，并妥善保存好相关的书面材料。
- 这样做是为了在后续可能出现纠纷时能够有依据，确保合同的履行既合法又具有可操作性。
寻求专业法律意见：
- 如果对合同修改的法律后果或程序存在疑问，建议双方寻求专业法律人士的意见。
- 法律专业人士可以提供更具体、更准确的指导，帮助双方避免法律风险。
综上所述，修改已签字盖章的合同必须遵循法定程序或者经过双方协商同意。在处理过程中，双方应保持沟通、明确修改内容、保留书面材料，并在必要时寻求专业法律意见。