结论：工伤认定部门对职业病诊断有疑义时，并不直接否定工伤的认定，但需要经过一定的程序来确认职业病与工伤的关联性，最终决定是否认定为工伤。

详细分析：

1. 职业病诊断的权威性：

   • 职业病诊断通常由具有相应资质的医疗机构或职业病诊断鉴定委员会进行，这些机构或委员会在职业病诊断方面具有专业性和权威性。
   • 当工伤认定部门对职业病诊断有疑义时，这并不意味着诊断结果无效，而是需要进一步核实和确认。

2. 工伤认定的程序：

   • 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤认定需要综合考虑多种因素，包括事故发生的时间、地点、原因以及职工受伤的情况等。
   • 对于职业病，工伤认定部门会重点审查职业病诊断证明书以及职工的工作史、职业史等相关证据。
   • 如果工伤认定部门对职业病诊断有疑义，它可以要求职工提供进一步的医疗证据或进行复查，也可以自行组织专家进行鉴定或委托其他有资质的机构进行重新诊断。

3. 疑义处理与工伤认定：

   • 在处理疑义的过程中，工伤认定部门会遵循公平、公正、公开的原则，确保职工的合法权益得到保障。
   • 如果经过核实和确认，职业病与工伤存在关联性，且符合工伤认定的其他条件，那么工伤认定部门会依法认定为工伤。
   • 如果职业病与工伤无关联性，或者不符合工伤认定的其他条件，那么工伤认定部门会作出不予认定的决定。

4. 职工的权利与救济途径：

   • 职工对工伤认定决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
   • 在行政复议或行政诉讼过程中，职工可以提供新的证据或理由来支持自己的主张，要求重新认定工伤。

法律建议：

• 如果您作为职工遇到了工伤认定部门对职业病诊断有疑义的情况，建议您积极配合工伤认定部门的工作，提供必要的医疗证据和工作史、职业史等相关资料。
• 同时，您也可以咨询专业的律师或法律机构，了解自己的权利和救济途径，以便在必要时采取法律行动来维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果职业病最终被认定为工伤，您将有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。
• 如果职业病未被认定为工伤，您可能需要通过其他途径（如民事诉讼）来寻求赔偿或救济。但请注意，这种情况下赔偿的标准和范围可能与工伤保险待遇有所不同。