结论：老板代扣农民工4000元工资，使农民工实得工资为5000元，这一行为是否合法，需根据代扣的具体原因和性质来判断，一般情况下，若非法定允许的代扣情形，则该行为不合法。

分析说明：

1. 法定允许的代扣情形：

   • 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位在特定情况下可以代扣劳动者工资，如代扣代缴的个人所得税、应由劳动者个人负担的各项社会保险费用、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费，以及法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
   • 若老板代扣的4000元属于上述法定允许的情形，如代扣个人所得税、社会保险费用等，且代扣金额未超过法定比例或限额，则该行为是合法的。但需注意，代扣的具体金额和比例需符合相关法律法规的规定，且用人单位应提供相应的代扣凭证和说明。

2. 非法代扣的情形：

   • 若老板代扣的4000元并非法定允许的情形，如以罚款、扣减工资作为惩罚手段、未经劳动者同意擅自扣减工资等，则该行为是不合法的。
   • 在这种情况下，农民工有权要求老板补发被代扣的工资，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

特殊场景：

• 若农民工与老板之间存在书面或口头的约定，允许在特定情况下代扣一定金额的工资（如作为押金、保证金等），但这种约定本身可能违反法律法规的强制性规定（如《劳动合同法》中关于不得扣押劳动者证件或要求提供担保的规定），因此该约定无效，老板仍不得擅自代扣工资。

行动建议：

1. 核实代扣原因：农民工应首先与老板沟通，了解代扣工资的具体原因和依据，要求老板提供相关的代扣凭证和说明。
2. 咨询专业意见：若对代扣原因或金额有疑问，农民工可以向当地劳动监察部门咨询或寻求法律援助，以了解自己的权益和可行的维权途径。
3. 维护合法权益：若确认老板的行为非法，农民工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求老板补发被代扣的工资，并可能获得相应的赔偿。

法律后果：

• 若老板的行为被认定为非法代扣工资，除了需要补发被代扣的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
• 在严重情况下，老板的行为可能构成拒不支付劳动报酬罪等刑事犯罪，将受到刑事处罚。

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