结论：月工资应实发3800元，实际被扣900元是否合法，这取决于扣除的具体原因和依据。以下从不同角度进行分析：
合法扣除的情况：
- 法定扣除：根据《中华人民共和国个人所得税法》等相关法律法规，工资中可能会扣除个人所得税、社会保险费（包括养老保险、医疗保险、失业保险等）以及住房公积金等法定项目。如果这900元是这些法定项目的总和，且扣除比例和金额均符合法律规定，那么这种扣除是合法的。
- 约定扣除：如果用人单位与劳动者在劳动合同中有明确的约定，比如因劳动者违反公司规章制度、造成经济损失等需要扣除一定比例的工资作为赔偿或罚款，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除也是合法的。但需要注意的是，扣除的比例和金额应当合理，不能过度剥夺劳动者的劳动报酬。
非法扣除的情况：
- 无依据扣除：如果用人单位在没有法定或约定依据的情况下，擅自扣除劳动者的工资，这种扣除就是非法的。例如，用人单位以“罚款”为名随意扣除工资，或者以“培训费”、“押金”等名义收取费用并从工资中扣除，这些都是不合法的。
- 超额扣除：即使存在扣除的依据，但如果扣除的金额超过了法定或约定的比例和金额，也是非法的。例如，个人所得税的扣除应当按照税法规定的税率和速算扣除数进行计算，如果用人单位擅自提高了税率或速算扣除数，导致扣除的金额过多，就是非法的。
法律建议：
- 核实扣除原因：首先，你需要核实这900元被扣除的具体原因和依据。可以查看工资条、劳动合同或公司规章制度等相关文件，了解扣除的项目和金额是否合法。
- 与用人单位沟通：如果发现扣除存在不合法或不合理的情况，你可以与用人单位进行沟通，要求其说明扣除的依据和合理性，并要求其纠正错误的扣除行为。
- 寻求法律援助：如果与用人单位沟通无果，或者用人单位拒绝纠正错误的扣除行为，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果用人单位的扣除行为被认定为非法，那么其可能需要承担返还被扣除的工资、支付赔偿金等法律责任。同时，用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失等后果。
示例说明：
假设你的月工资为3800元，其中个人所得税为200元，社会保险费为300元，住房公积金为200元，那么这些法定项目的总和为700元。如果用人单位再以其他名义扣除200元，且没有法定或约定的依据，那么这200元的扣除就是非法的。在这种情况下，你可以与用人单位沟通要求其返还这200元，并可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。