结论：政府扣工程款老板的百分之35，老板又扣农民工的百分之35，这一行为是否合法，需要分情况讨论，一般情况下，老板扣农民工工资的行为是不合法的。

分析：

1. 政府扣工程款老板的百分之35：

   • 政府扣款通常基于特定的法律或政策依据，如税收、罚款、保证金等。如果政府扣款是依法进行的，且扣款比例和方式都符合相关法律法规，那么这一行为本身是合法的。
   • 但政府扣款并不直接决定老板对农民工工资的支付义务。老板不能因为政府扣款就减少或拖欠农民工的工资。

2. 老板扣农民工的百分之35：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 老板扣农民工工资的行为，除非有明确的法律依据（如税收、社会保险等法定扣款），或者事先与农民工有明确的约定（且该约定不违反法律法规的强制性规定），否则一般是违法的。
   • 在没有合法依据的情况下，老板扣农民工百分之35的工资，显然违反了法律法规关于劳动报酬支付的规定，侵犯了农民工的合法权益。

法律建议：

• 对于农民工：如果老板扣除了你的工资，你可以首先与老板进行协商，要求其支付被扣除的工资。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。
• 对于老板：作为用人单位，你应该严格遵守法律法规关于劳动报酬支付的规定，不得随意扣除农民工的工资。如果确实需要扣除工资（如因农民工违反公司规章制度等），也应该确保扣除的依据合法、合理，并事先与农民工进行明确约定。

可能法律后果：

• 如果老板违法扣除农民工工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
• 在劳动仲裁或诉讼中，老板可能会被判决支付被扣除的工资，并可能需要承担额外的赔偿责任（如赔偿金、利息等）。

进一步思考：

• 在实际操作中，农民工往往处于弱势地位，可能缺乏足够的法律知识和维权意识。因此，建议农民工在遇到工资被扣除等问题时，及时寻求法律援助或咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
• 同时，政府和社会各界也应该加强对农民工权益的保护力度，完善相关法律法规和政策措施，为农民工提供更加全面、有效的法律保障。