老板扣留农民工劳动合同的行为是违法的，农民工有权要求老板返还合同，并可通过多种途径维护自身权益。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

1. 劳动合同的归属与性质
   根据《劳动合同法》第十六条，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致后签订，双方各执一份。老板扣留合同的行为直接违反了这一规定，剥夺了劳动者对自身劳动权益的凭证。

2. 扣留合同的法律后果
   若因合同被扣留导致农民工无法证明劳动关系（如未缴纳社保、拖欠工资等），老板可能面临劳动行政部门的责令改正、罚款（《劳动合同法》第八十一条），甚至需赔偿劳动者因此遭受的损失（《劳动合同法》第九十八条）。

维权途径

1. 协商与投诉

   • 直接沟通：农民工可先与老板协商，要求返还合同并说明法律依据。
     
   • 投诉举报：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（拨打12333热线或通过官网举报），劳动部门将介入调查并责令老板返还合同。

2. 申请劳动仲裁
   若扣留合同导致其他权益受损（如未签合同的双倍工资、拖欠工资等），农民工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张返还合同并索赔。仲裁裁决具有法律效力，老板拒不履行可申请法院强制执行。

3. 法律诉讼
   对仲裁结果不服或老板拒不执行仲裁裁决的，农民工可直接向法院提起诉讼，要求确认劳动关系、返还合同并赔偿损失。

注意事项

1. 证据收集

   • 保留与老板沟通的记录（如短信、录音、微信聊天记录），证明老板扣留合同的事实。
     
   • 收集其他能证明劳动关系的证据（如工资条、工作证、考勤记录、工友证言等），以备仲裁或诉讼使用。

2. 及时行动
   劳动争议的仲裁时效为1年（自知道权益受损之日起计算），建议尽快维权，避免因拖延丧失权利。

总结：老板扣留劳动合同是违法行为，农民工无需妥协，可通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维护权益。若需进一步帮助，可直接向我咨询具体操作流程或法律细节。