农民工因违章处罚扣工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度合法且明确规定了违章处罚与工资扣除的关联：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若公司的规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），且已公示或告知劳动者，同时内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度具有法律效力。
   • 在此情况下，如果规章制度中明确规定了因违章行为导致的工资扣除条款，且该扣除比例或金额合理（一般不超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准），则公司因农民工违章处罚而扣工资的行为可能是合法的。但需注意，直接以“违章”为由扣除全部或大部分工资，很可能违反法律规定。

2. 若公司规章制度不合法或未明确规定违章处罚与工资扣除的关联：

   • 如果公司的规章制度未经民主程序制定，或未公示、告知劳动者，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度不具有法律效力。
   • 在此情况下，公司因农民工违章处罚而扣工资的行为就是不合法的。劳动者有权要求公司补发被扣除的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 关于工资扣除的法定限制：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 这意味着，即使公司规章制度合法且明确规定了违章处罚与工资扣除的关联，其扣除的工资比例或金额也必须遵守上述法定限制。

建议与提醒：

• 农民工在遇到因违章处罚被扣工资的情况时，应首先查看公司的规章制度是否合法且明确规定了相关条款。
• 如果认为公司的扣除行为不合法或不合理，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在日常工作中，农民工也应遵守公司的规章制度和安全生产规定，避免因违章行为给自己和公司带来不必要的损失。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。