结论：劳务合同中扣工程款20%是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断，包括合同约定、扣款原因、是否违反法律法规强制性规定等因素。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同中有明确约定：
- 如果劳务合同中明确约定了扣工程款20%作为某种费用（如违约金、保证金、管理费等），并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣款行为在合同层面是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，依法成立的合同，受法律保护。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
若合同中无明确约定：
- 如果劳务合同中没有明确约定扣工程款20%的相关条款，那么雇主或发包方单方面扣款的行为可能构成违约，劳动者或承包方有权要求返还被扣款项。
二、扣款原因角度
合理扣款：
- 如果扣款是因为劳动者或承包方存在违约行为（如未按时完成工程、工程质量不达标等），并且合同中有相关违约责任的约定，那么扣款可能是合理的。但扣款比例应当合理，不得过高，否则可能构成显失公平。
- 合理性判断：扣款比例是否合理，需根据具体违约情况、行业惯例、双方过错程度等因素综合判断。
不合理扣款：
- 如果扣款没有合理依据，如雇主或发包方无故扣款、以不合理的理由扣款等，那么这种扣款行为是不合法的。劳动者或承包方有权要求返还被扣款项，并可能要求雇主或发包方承担违约责任。
三、法律法规强制性规定角度
违反法律法规的扣款：
- 如果扣款行为违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、税收法规等），那么这种扣款行为是不合法的。劳动者或承包方有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 示例：如果扣款导致劳动者实际收入低于当地最低工资标准，那么这种扣款行为就是违法的。
合法合规的扣款：
- 如果扣款行为符合法律法规的规定，并且合同中有相关约定，那么这种扣款行为是合法的。但即使如此，扣款比例也应当合理，不得损害劳动者或承包方的合法权益。
四、建议与措施
审查合同条款：
- 劳动者或承包方在签订劳务合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于扣款的约定。确保合同条款明确、合理，并且不违反法律法规的强制性规定。
保留证据：
- 在发生扣款纠纷时，劳动者或承包方应保留相关证据（如合同、扣款通知、工资单等），以便在需要时证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果劳动者或承包方认为扣款行为不合法或不合理，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。作为专业律师，我可以提供法律咨询和代理服务，帮助劳动者或承包方维护自己的合法权益。
总结：劳务合同中扣工程款20%是否合法，需根据合同约定、扣款原因、是否违反法律法规强制性规定等因素综合判断。在签订合同时，劳动者或承包方应仔细审查合同条款，确保自己的权益得到保障。在发生纠纷时，应保留相关证据并寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。