在探讨不动产登记是否可以以自然资源局为被告这一问题时，我们首先要明确不动产登记的相关法律规定以及行政诉讼中被告的确定原则。

一、不动产登记的相关法律规定

根据《不动产登记暂行条例》第七条第一款的规定，不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理。这意味着，在大多数情况下，县级人民政府的不动产登记机构（如县自然资源和规划局）是负责具体办理不动产登记的机关。

二、行政诉讼中被告的确定原则

在行政诉讼中，被告通常是作出具体行政行为的行政机关。如果行政机关的职权发生变更，根据《行政诉讼法》第二十六条第六款的规定，应当以继续行使其职权的行政机关为被告。

三、不动产登记案件中被告的确定

1. 一般情况：在不动产登记案件中，如果原告对不动产登记行为提起诉讼，且该登记行为是由县级人民政府的不动产登记机构（如县自然资源和规划局）作出的，那么被告应当是该不动产登记机构，即县自然资源和规划局。

2. 特殊情况：如果行政机关的职权发生变更，例如某市实施不动产统一登记制度后，原由多个部门承担的不动产登记职责统一交由市规划和自然资源委员会承担，那么针对此前作出的不动产登记行为提起诉讼时，被告应当是继续行使其职权的不动产登记机构，即市规划和自然资源委员会。

四、结合具体案例分析

以您提供的案例为例，原告刘某因与第三人宅基地使用权发生争议，要求对宅基地使用权证面积进行变更登记。在此情况下，如果刘某所在县的不动产登记机构是该县自然资源和规划局，那么刘某对宅基地使用权登记行为提起诉讼时，被告应当是该县自然资源和规划局，而不是该县人民政府。

五、结论

综上所述，不动产登记案件中被告的确定取决于作出具体登记行为的行政机关。在大多数情况下，如果不动产登记是由县级人民政府的不动产登记机构（如县自然资源和规划局）作出的，那么被告应当是该不动产登记机构。因此，在符合法律规定和案件事实的情况下，不动产登记案件是可以以自然资源局（或相应的不动产登记机构）为被告的。

希望这一解答能够清晰、详细且深入地解答您的问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。