在不动产登记行政案件中，确定被告是一个关键问题，它直接关系到案件的受理和审理。根据相关法律法规和司法实践，以下是对不动产登记行政案件中被告确定问题的详细解答：
一、不动产登记行政案件中被告确定的基本原则
在不动产登记行政案件中，确定被告的基本原则是“谁行为，谁被告”。这意味着，如果某个行政机关或组织作出了具体的行政行为，并且该行为引发了行政诉讼，那么该行政机关或组织就应当作为被告。
二、不动产登记机构的被告资格
不动产登记机构的法定职权：
- 根据《不动产登记暂行条例》第七条第一款的规定，不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。
不动产登记机构作为被告的情形：
- 如果当事人对不动产登记机构作出的登记行为（如首次登记、变更登记、转移登记、注销登记等）不服，并提起行政诉讼，那么不动产登记机构就应当作为被告。
- 例如，在原告刘某的案例中，原告对宅基地使用权登记行为提起诉讼，应当以该县自然资源和规划局（即不动产登记机构）为被告，而不是该县人民政府。
三、其他相关行政机关的被告资格
乡镇人民政府的审核批准行为：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第四款的规定，农村村民住宅用地由乡（镇）人民政府审核批准。
- 如果当事人认为宅基地使用权的审核批准行为违法，那么应以乡镇人民政府为被告，而不是不动产登记机构。
县级以上地方人民政府的指导行为：
- 实践中，县级以上地方人民政府可能通过听取报告、召开会议、组织研究、下发文件等方式对职能部门进行指导。
- 如果职能部门据此作出相应行政行为，并引发行政诉讼，那么应当以最终对外作出行政行为的行政机关为被告，而不是县级以上地方人民政府。
四、司法实践中的注意事项
准确识别行政行为：
- 在提起行政诉讼前，当事人应当准确识别引发争议的行政行为是由哪个行政机关或组织作出的。
遵循“谁行为，谁被告”原则：
- 当事人应当遵循“谁行为，谁被告”的原则来确定被告，避免错列被告导致诉讼程序受阻。
及时变更被告：
- 如果法院告知当事人所诉被告主体错误，并要求其变更被告，当事人应当及时变更，以免影响诉讼程序的顺利进行。
五、相关法律法规依据
- 《不动产登记暂行条例》第七条第一款
- 《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第四款
- 《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第一款
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第六十九条第一款第(三)项
- 《最高人民法院关于正确确定县级以上地方人民政府行政诉讼被告资格若干问题的规定》
综上所述，在不动产登记行政案件中，确定被告应当遵循“谁行为，谁被告”的原则，并根据具体行政行为由哪个行政机关或组织作出来确定。当事人应当准确识别行政行为，并遵循相关法律法规和司法实践的要求来确定被告，以确保诉讼程序的顺利进行和自身合法权益的有效保障。