申请撤销不动产登记证书的诉讼主体并不一定是自然资源局，这取决于具体的撤销事由和法律关系。以下从不同角度为您详细分析：

1. 若因登记错误或违法登记而申请撤销：

   • 在这种情况下，如果不动产登记机构（如自然资源局）在登记过程中存在过错，如审查不严、程序违法等，导致登记错误或违法登记，那么不动产登记机构（自然资源局）可能成为被告。根据《中华人民共和国民法典》第二百二十条：“权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项错误的，可以申请更正登记。不动产登记簿记载的权利人书面同意更正或者有证据证明登记确有错误的，登记机构应当予以更正。不动产登记簿记载的权利人不同意更正的，利害关系人可以申请异议登记。登记机构予以异议登记，申请人自异议登记之日起十五日内不提起诉讼的，异议登记失效。异议登记不当，造成权利人损害的，权利人可以向申请人请求损害赔偿。” 以及《不动产登记暂行条例》的相关规定，若因登记机构的原因导致登记错误，权利人或利害关系人有权要求登记机构更正或提起行政诉讼要求撤销错误登记。

2. 若因其他行政行为导致不动产登记证书需撤销：

   • 有时候，不动产登记证书的撤销可能并非直接由登记机构（自然资源局）的行为引起，而是由于其他行政行为（如规划许可、建设许可的撤销或变更）导致。在这种情况下，作出该行政行为的行政机关可能成为被告，而自然资源局可能作为第三人参与诉讼，或者根据法院的判决或裁定，配合执行撤销登记的决定。

3. 若因民事纠纷导致不动产登记证书需撤销：

   • 在某些民事纠纷中，如房屋买卖合同纠纷、继承纠纷等，可能涉及不动产登记证书的撤销。在这种情况下，纠纷的双方当事人可能成为诉讼的主体，而自然资源局通常不是直接的被告。法院会根据民事纠纷的审理结果，判决是否撤销或变更不动产登记证书。

法律建议：

• 在申请撤销不动产登记证书前，建议您先明确撤销的具体事由和法律依据。
• 根据撤销事由的不同，确定正确的被告或相关责任方。
• 准备充分的证据材料，以支持您的撤销申请或诉讼请求。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。

可能后果：

• 如果申请撤销成功，不动产登记证书将被撤销或变更，相关权利义务关系将发生相应变化。
• 如果申请撤销失败，您可能需要承担诉讼费用等不利后果，并可能需要继续履行原有的权利义务关系。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。