仲裁加班费赔偿金额的计算基数，通常是扣除社会保险和公积金个人缴纳部分之前的工资标准。具体分析如下：

1. 法律依据与计算基数原则
   根据《劳动法》第四十四条及《工资支付暂行规定》，加班费的计算基数应为劳动者“正常工作时间工资”，即劳动合同约定的工资标准或实际履行的工资水平。该基数通常包含基本工资、岗位津贴、固定奖金等固定组成部分，不扣除社会保险和公积金的个人缴纳部分。例如，若月工资为10000元（含社保公积金个人部分），则加班费基数应为10000元，而非扣除后的金额。

2. 司法实践中的常见处理方式
   在劳动仲裁或诉讼中，法院或仲裁机构倾向于以劳动者应发工资（即税前工资，含社保公积金个人部分）作为加班费计算基数。若劳动合同明确约定加班费基数为“扣除社保公积金后的工资”，该条款可能因违反《劳动合同法》第二十六条（“免除用人单位法定责任、排除劳动者权利”）被认定为无效，实践中仍以应发工资为准。

3. 特殊情形与例外

   • 约定优先原则：若劳动合同或集体合同明确约定加班费基数为“扣除社保公积金后的工资”，且该约定不违反法律强制性规定（如不低于当地最低工资标准），可能被部分地区仲裁机构或法院采纳。但此类情形需结合具体证据和地方司法政策判断，存在较大不确定性。
     
   • 最低工资标准兜底：若按应发工资计算的加班费低于当地最低工资标准，则应以最低工资标准为基数补足差额。

建议：若您需主张加班费，可按以下步骤操作：

1. 收集劳动合同、工资条、考勤记录等证据，明确应发工资总额及加班时长；
   
2. 计算加班费时，以应发工资为基数，按法定比例（工作日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍）主张；
   
3. 若用人单位主张扣除社保公积金后计算，可要求其提供合法有效的合同依据或地方政策文件，否则可依法提出异议。
   

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