结论：公司要求迟到5分钟的员工请假半小时，这一做法是否合法，需结合具体情况分析，一般情况下可能不合法，但若公司规章制度有明确规定且符合法定程序，则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、从规章制度合法性角度分析
规章制度需经民主程序制定：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司要求迟到员工请假半小时的规章制度未经上述民主程序制定，则该制度可能因程序违法而无效。
规章制度需公示或告知劳动者：
- 规章制度制定后，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若公司未将“迟到5分钟需请假半小时”的规章制度公示或告知劳动者，劳动者有权主张该制度对其不产生约束力。
二、从规章制度合理性角度分析
规章制度内容需合理：
- 即使规章制度经过民主程序制定并公示或告知劳动者，其内容也需合理，不得违反法律、法规的规定，也不得违背公序良俗。
- 要求迟到5分钟的员工请假半小时，可能被视为对劳动者的过度惩罚，缺乏合理性。特别是当迟到原因非劳动者主观故意时（如交通拥堵、突发疾病等），这种惩罚更显不合理。
规章制度不得与劳动合同相冲突：
- 若劳动合同中未约定迟到需请假半小时的条款，而公司规章制度中却有此规定，且该规定对劳动者不利，则可能因与劳动合同相冲突而无效。
三、从实际操作角度分析
公司应建立合理的考勤制度：
- 公司应建立科学、合理的考勤制度，明确迟到的定义、处罚措施等，并确保制度的公平性和透明度。
- 对于迟到行为，公司可以采取扣减工资、警告、记过等处罚措施，但应确保处罚措施与迟到行为的严重程度相适应。
劳动者有权对不合理处罚提出异议：
- 若劳动者认为公司的处罚措施不合理或违法，有权向公司提出异议，并要求公司改正。
- 若公司拒绝改正，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、建议
对于公司：
- 审查并完善考勤制度，确保制度的合法性和合理性。
- 在制定或修改规章制度时，充分听取职工意见，确保民主程序。
- 对迟到行为采取合理、适度的处罚措施，避免过度惩罚。
对于劳动者：
- 了解并遵守公司的规章制度，避免迟到等违规行为。
- 若认为公司的处罚措施不合理或违法，及时与公司沟通并提出异议。
- 必要时，寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
总结：公司要求迟到5分钟的员工请假半小时，这一做法是否合法需结合具体情况分析。若公司规章制度未经民主程序制定、未公示或告知劳动者、内容不合理或与劳动合同相冲突，则该做法可能不合法。劳动者有权对不合理处罚提出异议，并寻求法律帮助。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。