结论概述：确权证上双方协议若涉及第三方权益，即使第三方不在场，第三方在符合一定条件下仍可起诉。具体能否起诉，需结合协议内容、第三方权益受影响程度及法律规定综合判断。
详细分析：
协议内容与第三方权益：
- 若确权证上的双方协议直接涉及第三方的权益，如明确约定了第三方的权利或义务，那么第三方作为协议的直接利害关系人，即使不在场，也有权根据协议内容提起诉讼。例如，协议中约定了第三方对某项财产的共有权，而双方却未经第三方同意擅自处分该财产，此时第三方有权起诉要求确认协议无效或恢复其权益。
第三方权益受影响程度：
- 即使协议未直接涉及第三方的权益，但如果协议的履行或结果对第三方的权益产生了实质性影响，第三方也可能有权起诉。这通常发生在协议导致第三方权益受损或可能受损的情况下。例如，双方协议将第三方所有的财产错误地确权给其中一方，导致第三方失去财产所有权，此时第三方有权起诉要求撤销确权证并恢复其财产权益。
法律规定与诉讼资格：
- 根据相关法律规定，与案件有直接利害关系的公民、法人和其他组织有权作为原告提起诉讼。因此，在确权证上的双方协议涉及第三方权益或对其权益产生实质性影响的情况下，第三方作为直接利害关系人，具备起诉的资格。
- 具体来说，如果第三方认为确权证上的协议侵犯了其合法权益，可以根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向人民法院提起民事诉讼，要求确认协议无效、撤销确权证或恢复其权益等。
法律建议：
- 对于第三方而言，如果发现确权证上的双方协议涉及或可能影响其权益，应及时收集相关证据，如协议文本、确权证、财产权属证明等，以证明其与案件的直接利害关系。
- 在提起诉讼前，建议第三方先咨询专业律师，对案件进行全面评估和分析，以确定最佳的诉讼策略和方案。
- 如果第三方决定提起诉讼，应按照法定程序向人民法院提交起诉状和相关证据材料，并积极参与诉讼过程，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果第三方起诉成功，法院可能会判决确认协议无效、撤销确权证或恢复第三方的权益等。这将导致确权证上的双方协议无法继续履行或产生法律效力上的变更。
- 如果第三方起诉失败，法院可能会驳回其诉讼请求或维持确权证的效力。此时，第三方需要接受法院的判决结果，并可能需要根据判决结果承担相应的法律后果。
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