房屋确权和借用门市房协议确认在符合一定条件下，是可以同时起诉的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律关系的独立性

1. 房屋确权：这通常涉及房屋所有权的归属问题，是物权法律关系。确权之诉旨在明确房屋的所有权归属，解决的是“房屋是谁的”这一问题。
2. 借用门市房协议确认：这涉及的是合同法律关系，即双方就门市房的借用所达成的协议是否有效、是否应履行等问题。确认之诉旨在明确合同的效力及双方的权利义务，解决的是“合同是否有效、双方应如何履行”等问题。

由于房屋确权和借用门市房协议确认涉及的是两种不同的法律关系，它们之间并不存在直接的相互依赖或排斥关系。因此，在理论上，这两种诉求是可以同时提出并起诉的。

二、诉讼的可行性

1. 诉的合并：在民事诉讼中，如果两个或两个以上的诉讼请求之间存在关联，且由同一法院管辖，原告可以选择将这两个或多个诉讼请求合并提起诉讼。这有助于节省诉讼资源，提高诉讼效率。
2. 法院的审理：法院在受理此类合并诉讼时，会分别审查每个诉讼请求的合法性和合理性，并根据相关法律法规作出判决。如果房屋确权和借用门市房协议确认的诉讼请求均符合起诉条件，且由同一法院管辖，那么法院会同时审理这两个诉讼请求。

三、实际操作中的注意事项

1. 证据的准备：在同时起诉房屋确权和借用门市房协议确认时，原告需要准备充分的证据来支持自己的诉讼请求。对于房屋确权，可能需要提供购房合同、房产证等证据；对于借用门市房协议确认，则需要提供借用协议、履行情况等证据。
2. 诉讼策略的选择：原告应根据案件的具体情况选择合适的诉讼策略。例如，如果房屋确权和借用门市房协议确认之间存在紧密的关联，且一个诉求的成立可能直接影响另一个诉求的判决结果，那么原告可以考虑将这两个诉求合并提起诉讼，以便更好地维护自己的合法权益。
3. 法院的管辖：在提起诉讼前，原告需要确认哪个法院对案件具有管辖权。这通常取决于房屋所在地或合同履行地等因素。如果两个诉讼请求分别由不同的法院管辖，那么原告可能需要分别向两个法院提起诉讼。

四、可能的法律后果

1. 如果两个诉讼请求均得到法院支持：那么原告将同时获得房屋的所有权确认和借用门市房协议的有效确认，这有助于原告更好地维护自己的合法权益。
2. 如果其中一个或两个诉讼请求未得到法院支持：那么原告需要根据法院的判决结果来调整自己的诉讼策略或接受相应的法律后果。例如，如果房屋确权请求未得到支持，那么原告可能需要考虑通过其他途径来解决房屋所有权归属问题；如果借用门市房协议确认请求未得到支持，那么原告可能需要重新审视合同条款或考虑解除合同等后续行动。

建议：在实际操作中，如果面临房屋确权和借用门市房协议确认同时起诉的问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。