结论：在申请法院房屋确权的案件中，若存在两个被告，原告的诉求能否确权给另一个被告，需根据具体案情、证据以及法律规定综合判断，并非绝对不能，但需满足一定条件。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系与确权原则
房屋确权的法律基础：
- 房屋确权是指对房屋所有权归属的确认，通常依据《中华人民共和国民法典》（以下简称《民法典》）中关于物权的规定进行。
- 根据《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。因此，房屋确权通常与房屋登记情况紧密相关。
确权诉讼的当事人：
- 在确权诉讼中，原告通常是认为自己对房屋享有所有权或部分所有权的一方，被告则是与房屋所有权归属存在争议的一方或多方。
- 若存在两个被告，且原告诉求确权给其中一个被告，这通常意味着原告认为另一个被告对房屋不享有所有权，或原告与其中一个被告之间存在某种法律关系（如赠与、买卖等），导致房屋所有权应归属于该被告。
二、原告诉求确权给另一个被告的条件
证据充分性：
- 原告需提供充分证据证明其对房屋不享有所有权，或证明房屋所有权应归属于其诉求的被告。
- 证据可能包括房屋买卖合同、赠与协议、遗嘱、继承证明、房屋登记记录等。
法律关系明确性：
- 原告与诉求的被告之间需存在明确的法律关系，该法律关系应能合理解释房屋所有权为何应归属于该被告。
- 例如，若原告与诉求的被告之间存在房屋买卖合同，且合同合法有效，那么原告在支付房款后，房屋所有权应转移至被告名下。
无其他争议：
- 房屋确权案件中，若存在其他争议（如房屋存在抵押、查封等限制情况，或存在其他共有人等），则可能影响确权结果。
- 原告需确保房屋不存在其他争议，或已妥善解决其他争议，以确保确权诉求的顺利实现。
三、实际操作中的注意事项
诉讼策略选择：
- 在提起确权诉讼前，原告应仔细评估案情和证据，选择合适的诉讼策略。
- 若原告认为房屋所有权应归属于其中一个被告，可考虑将该被告列为第三人（若其非必要共同被告），或在诉讼中明确表达确权诉求，并请求法院根据案情和证据作出判决。
法院审理与判决：
- 法院在审理确权案件时，会综合考虑双方提供的证据、法律关系以及案件实际情况，作出公正判决。
- 若原告证据充分、法律关系明确，且房屋不存在其他争议，法院有可能支持原告的确权诉求，将房屋所有权确认给其诉求的被告。
建议：在申请法院房屋确权且存在两个被告的情况下，若原告诉求确权给另一个被告，应充分准备证据、明确法律关系，并咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。如有具体法律问题或需要进一步帮助，请直接向我咨询。