若协议合法有效且无争议，可直接依据协议向法院提起确权之诉，要求确认房屋归属；若协议存在效力争议，需先通过诉讼或仲裁确认协议效力，再提起确权之诉。具体分析如下：
一、协议合法有效且无争议时的起诉流程
准备起诉材料：
- 起诉状：明确诉讼请求（即要求确认房屋归属）、事实与理由（阐述协议签订情况、房屋现状等）。
- 证据材料：包括协议原件、房屋产权证书（如有）、付款凭证（如涉及购房款支付）、身份证明等。
- 其他材料：如法院要求的其他相关文件。
选择管辖法院：
- 根据《民事诉讼法》的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。因此，应向房屋所在地的人民法院提起诉讼。
提交起诉材料并缴纳诉讼费：
等待法院受理并开庭审理：
- 法院在收到起诉材料后，会进行审查，符合受理条件的，会予以受理，并通知双方当事人开庭时间。
- 在开庭审理过程中，双方当事人可以就协议的有效性、房屋归属等问题进行举证、质证和辩论。
等待法院判决并执行：
- 法院在审理结束后，会根据事实和法律规定作出判决。
- 如果判决支持原告的诉讼请求，即确认房屋归属原告所有，被告应履行判决义务，协助原告办理房屋过户手续等。
二、协议存在效力争议时的处理方式
先确认协议效力：
- 如果协议存在效力争议（如一方主张协议无效、可撤销或变更等），应先通过诉讼或仲裁方式确认协议的效力。
- 在确认协议效力后，再根据协议的有效与否决定是否提起确权之诉。
提起确权之诉：
- 如果协议被确认有效，且符合确权之诉的条件，可以按照上述流程提起确权之诉。
- 如果协议被确认无效或被撤销，则可能需要根据实际情况另行主张权利（如要求返还购房款、赔偿损失等）。
三、注意事项
协议的有效性：
- 确保协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗。
- 如果协议存在瑕疵（如未签字、未盖章、内容不明确等），可能会影响其效力。
证据的充分性：
- 在提起确权之诉时，应提供充分的证据证明自己的主张。
- 证据应真实、合法、有效，且与案件事实具有关联性。
诉讼时效：
- 注意诉讼时效的规定，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 一般来说，民事诉讼的时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。