结论：土地确权证相关纠纷中，若第三方未参与双方协议，其是否可以另起诉，取决于该协议是否直接涉及第三方权益以及第三方是否为必要诉讼参与人。以下从不同角度详细分析：
一、协议内容与第三方权益的关系
协议不涉及第三方权益：
- 如果双方签订的协议内容完全不涉及第三方的权益，比如只是双方对土地使用、收益分配等内部事项的约定，那么第三方没有直接的法律利益受损，通常不具备起诉的资格。
- 举例：甲乙双方就一块农村土地的使用权达成协议，约定由甲使用，乙不干涉，且该协议不涉及任何第三方。此时，若丙（第三方）认为该协议与其无关，则丙无权起诉。
协议涉及第三方权益：
- 如果协议内容直接涉及第三方的权益，比如协议中约定了第三方需要承担的义务或享有的权利，或者协议的执行会直接影响第三方的利益，那么第三方在权益受损时，有权提起诉讼。
- 举例：甲乙双方签订协议，约定将一块农村土地转让给丙（第三方），但丙未参与该协议的签订。若协议中存在对丙不利的条款，或者协议的执行导致丙的权益受损，丙有权就相关争议提起诉讼。
二、第三方是否为必要诉讼参与人
第三方为必要诉讼参与人：
- 在某些情况下，第三方可能是诉讼的必要参与人，因为其权益可能直接受到诉讼结果的影响。如果双方协议涉及第三方的权益，且该权益需要通过诉讼来确认或保护，那么第三方应当被追加为诉讼参与人。
- 法律背景：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，必须共同进行诉讼的当事人没有参加诉讼的，人民法院应当通知其参加。这适用于那些其权益可能因诉讼结果而受到直接影响的第三方。
第三方非必要诉讼参与人：
- 如果第三方不是必要诉讼参与人，即其权益不会因诉讼结果而受到直接影响，或者其权益可以通过其他方式得到保护，那么第三方可能不需要参与诉讼。但这并不意味着第三方不能就相关争议提起诉讼，如果其认为自身权益受损，仍可以依法提起诉讼。
三、法律建议
审查协议内容：
- 在处理此类纠纷时，首先应审查双方签订的协议内容，确定是否涉及第三方的权益。
评估第三方地位：
- 评估第三方在协议中的地位，确定其是否为必要诉讼参与人。
寻求法律帮助：
- 如果涉及复杂的法律问题或争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。
后续行动建议：如果您或第三方认为自身权益受到侵害，且符合上述起诉条件，可以准备相关证据材料，向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，应充分阐述自己的诉求和理由，并提供充分的证据支持。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。