结论：自收自支事业单位长期欠薪，改制分流到其他留守企业时，员工是否有经济补偿金，需根据具体情况判断，主要包括欠薪原因、改制分流的具体方案以及员工与单位的协商情况等。以下从不同角度进行分析：
一、欠薪原因与改制分流的关系
单位经营困难导致的欠薪：
- 若单位因经营困难长期欠薪，并在改制分流过程中，将员工安排到其他留守企业，这通常被视为单位的一种安置方案。在此情况下，员工是否有经济补偿金，需依据改制分流的具体方案以及单位与员工之间的协商结果来确定。
- 如果改制分流方案中明确规定了经济补偿金的支付标准和方式，且单位与员工达成一致，那么员工有权获得相应的经济补偿金。
单位恶意欠薪：
- 若单位存在恶意欠薪行为，即无正当理由长期拖欠员工工资，员工在改制分流时有权要求单位支付欠薪及相应的经济补偿金。
- 恶意欠薪可能构成违法行为，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益，包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。
二、改制分流的具体方案
方案明确经济补偿金：
- 如果改制分流方案中明确规定了经济补偿金的支付，包括支付标准、支付方式等，那么员工有权按照方案要求获得经济补偿金。
方案未明确经济补偿金：
- 若改制分流方案中未提及经济补偿金，员工应与单位进行协商，争取获得合理的经济补偿。
- 协商过程中，员工可以参考相关法律法规，如《劳动合同法》中关于经济补偿金的规定，作为协商的依据。
三、员工与单位的协商情况
协商一致：
- 如果员工与单位就经济补偿金问题达成一致，那么员工有权按照协商结果获得经济补偿金。
协商未果：
- 若员工与单位无法就经济补偿金问题达成一致，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供相关证据，如工资单、欠薪证明、改制分流方案等，以支持自己的主张。
四、法律建议
保留证据：
- 员工应保留好与欠薪、改制分流相关的所有证据，包括工资单、欠薪证明、改制分流方案、与单位的协商记录等。
及时咨询：
- 员工在遇到此类问题时，应及时向我咨询，了解自己的权益和可行的维权途径。
依法维权：
- 员工应依法维护自己的合法权益，不要采取过激行为或违法手段。
举例说明：假设某自收自支事业单位因经营困难长期欠薪，后决定进行改制分流，将部分员工安排到其他留守企业。在改制分流方案中，单位明确规定了经济补偿金的支付标准和方式。在此情况下，员工有权按照方案要求获得经济补偿金。如果单位未按照方案支付经济补偿金，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总之，自收自支事业单位长期欠薪，改制分流到其他留守企业时，员工是否有经济补偿金需根据具体情况判断。员工应保留好相关证据，及时咨询并依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。