结论：以严重违反公司制度为由解除劳动合同，若该制度经过职工大会讨论（即符合民主程序制定），且满足其他法定条件，则用人单位的解除行为是合法的。以下从多个角度详细分析：
一、民主程序制定的法律依据与要求
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
要求：
- 规章制度必须经过职工大会或职工代表大会讨论，这是民主程序的核心要求。
- 讨论过程中，用人单位应充分听取职工的意见和建议，确保制度的合理性和可行性。
- 最终确定的规章制度应向全体职工公示或告知，确保劳动者知悉并遵守。
二、严重违反公司制度的认定标准
违纪事实明确：
- 劳动者的行为必须明确违反了公司规章制度中的具体条款。
- 违纪行为应达到“严重”程度，这通常根据行为的性质、情节、后果以及劳动者的主观过错等因素综合判断。
量化标准与比例原则：
- 规章制度中应明确“严重违反”的具体情形及量化指标，如规定“累计三次迟到视为严重违纪”。
- 在认定违纪行为时，应遵循比例原则，确保处罚与违纪行为的严重性相匹配，避免将轻微过失扩大为“严重违反”。
三、解除劳动合同的程序要求
事先通知与申辩机会：
- 用人单位在解除劳动合同前，应事先将理由通知劳动者，并给予其申辩的机会。
- 劳动者有权对违纪事实进行陈述和申辩，用人单位应认真听取并考虑其意见。
通知工会：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十三条，建立了工会组织的用人单位解除劳动合同，应事先通知工会。
- 工会认为用人单位解除劳动合同不适当的，有权提出意见。用人单位应研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。
四、实际案例与风险防范
实际案例：
- 某公司未将考勤制度告知员工，以旷工为由解除合同被判违法。法院认为，未经公示的制度不能作为处罚依据。
- 另一案例中，公司规章制度明确规定“累计三次迟到视为严重违纪”，员工因累计迟到三次被解除合同，法院认定解除行为合法。
风险防范建议：
- 完善制度建设：确保规章制度经民主程序制定并公示，明确“严重违反”的具体情形及量化指标。
- 规范处理程序：留存书面证据（如警告信、会议纪要），履行通知工会义务，给予劳动者申辩机会。
- 加强证据管理：安装监控设备、要求员工签字确认违纪事实，确保证据充分且合法有效。
五、法律后果与应对策略
法律后果：
- 若用人单位以严重违反公司制度为由解除劳动合同合法，则无需支付赔偿金或经济补偿金。
- 若解除行为违法，则用人单位需恢复劳动关系或支付赔偿金（经济补偿金×2）。
应对策略：
- 劳动者在面临解除劳动合同时，应首先审查公司规章制度的合法性和有效性。
- 若认为解除行为违法，可向劳动争议仲裁机构或人民法院提起仲裁或诉讼，要求用人单位承担违法解除的法律责任。
总结：以严重违反公司制度为由解除劳动合同，必须确保制度经过职工大会讨论（民主程序制定）、违纪事实明确且严重、程序正当且合规。用人单位应严格遵循法律规定，完善制度建设、规范处理程序、加强证据管理，以降低违法解除的法律风险。劳动者在面临解除劳动合同时，也应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。